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1、系統(tǒng)生物學(xué)軟件系統(tǒng)生物學(xué)軟件Software of Systems Biology An Ocean Food WebNodes = organismsEdges/arrows = flow of energyNodes = people/phonesEdges = can callHere we track the flow of information analogous to the flow of energy in a food webCore Features of CytoscapenDisplay network data using visual stylesn Powerf
2、ul graph layout toolsn Easily organize multiple networksn Easily navigate large networksn Filter the networkn Plugin生物復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的數(shù)學(xué)模型ABCDE圖論(graph theory)中的一個圖(graph):兩個集合V(A,B,C,D,E)和E(AB,AC,AB,BC,CD,DE)1A2B3C4D5EIf you are interested in building your own Cytoscape Plugin, check out http:/wiki.cytoscape.
3、org/cytoscape_developer_tutorialABCDEOncogeneTumor suppressor geneGary D Bader and Christopher WV Hogue. An automated method for finding molecular complexes in large protein interaction networks. BMC Bioinformatics. 2003.Qinghua Cui et al. Molecular Systems Biology 2007Altered genes23465S1-3=8.1S1-4=11.7S1-5=19.2S2-6=9.3101281514S=29.6P=1.39E-13130對共改變模塊對共改變模塊613個改變基因個改變基因共改變模塊對例子共改變模塊對例子冗余模型冗余模型共改變模塊對例子共改變模塊對例子20
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