蚵目生物資訊概論

1、蚵目： 生物資訊概論上嗑時間： 星期一89節(jié)上嗑地點： 性春樓電腦教室A (上楓葉的那裏)獸課老師： 李元綺 + 蘇家玉(NEW)難度： 很難，很具專業(yè)性甜度： 甜甜甜甜甜甜甜甜甜甜甜甜甜甜甜甜 全班90起跳你還不說她甜？點名： 每堂必點 (但是我缺了5堂照樣93)你可以學(xué)到：1. 查出某疾病基因的名稱跟DNA、轉(zhuǎn)錄出的RNA序列。2. 預(yù)測出該RNA轉(zhuǎn)譯出來的蛋白質(zhì)性質(zhì)及3D構(gòu)造。3. 預(yù)測出該基因存在的位置。4. 預(yù)測出其他動物擁有該基因的機率。5. 或是該基因在何種動物的機率。或許大家常常聽我在抱怨這堂課的時間很雞排，因為上學(xué)期卡到班會，又看到大家一下課打球的打球，啾團的啾團，自己有不能

2、跟但是看到我的期末成績就決定將心態(tài)整個大翻盤XDDDD整個課程全程採個人報告模式，也就是每個禮拜都有人上臺報告。報告的主題老師在第一個禮拜就會排出來，大家參考一下：系級學(xué)號姓名教師Topics09/21李元綺Introduction to Bioinformatics09/28醫(yī)1 B101098020陳穆緯李元綺Human Genome Project10/05醫(yī)1 B101098009葉騰尹李元綺Blast tool, Alignment10/12醫(yī)1 B101098015楊潔李元綺Gene Expression & Microarray 10/19醫(yī)1 B101098032吳佩叡

3、李元綺Microarray data analysis10/26醫(yī)1 B101098068李文堯蘇家玉Protein structure determination11/02醫(yī)1 B101098075游博全蘇家玉Protein structure prediction11/09醫(yī)2 B101097122陳怡潔蘇家玉Protein function prediction11/16牙1 B202098049黃彥翔蘇家玉Subcellular localization prediction11/23牙1 B202098074廖浩哲蘇家玉Post-translational modification藥

4、1 B303098026黃健維11/30藥1 B303098046賴璿文李元綺Protein-Protein interactions 藥1 B303098133何澤民12/07藥1 B303098194黃炳堯李元綺Gene Network保1 B506098028王筱箴12/14保1 B506098055李維軒李元綺microRNA, RNA interference保1 B506098058李任智 12/21公1 B507098030張妤名蘇家玉Data mining - classification methods公1 B507098058方佳琳12/28牙體1 B210098034黃韋

5、翰蘇家玉Data mining - clustering methods醫(yī)檢1 B114098015吳炳儒01/04醫(yī)檢1 B114097050黃君暘蘇家玉Biomedical text mining醫(yī)檢1 B114096023柯泓宇累計共 22 人看到題目大概就知道很難是甚麼意思了吧？(也要看你抽到哪個啦)但是不要怕，股溝大神和危機大神和老師會幫你很多忙。在報告前大家都會把檔案丟到買兔上面。比較重要的是看那個禮拜是哪個老師來上課如果是李元綺，那報告時請多保重，她會在途中善用她的專業(yè)知識。而且會在報告完後問大家一堆很艱深的問題。 (據(jù)我所知沒有人回答得出來) 如果是蘇家玉，恭喜你，她是個非常溫

6、柔又美麗的新老師，她說她很體諒像我這種從早上第一節(jié)上到晚上的人，所以常常提早下課XD，而且不會問奇怪的問題，通常都是叫每個人問問題順便點名，就降而已，而她會出現(xiàn)的時機就是報告主題有關(guān)protein的時候。有時候還會順便請大家吃東西XDDDDDDDDDDDDDD再來是期末作業(yè)，真的是超級機車本學(xué)期的如下：Bioinformatics Final ProjectDeadline: Jan. 15, 20101. Find a disease of interest, and give a brief description about the disease.2. Using NCBI GEO t

7、o find a gene that is relevant to this disease, and explain how they are related in respect of gene expression and functions (GEO).3. What is the official gene name, gene symbol, and what is its HGNC ID, Entrez geneID? Where is the chromosomal location (Gene)?4. Use BLAST or Homologene to show the o

8、rthologs of this gene in mouse, rat and other organisms (BLAST or Homologene). 5. What is the sequence of this gene and what are the functional domains/motifs?6. Where the subcellular localization you might predict from its sequence (Subcelluar localization prediction)?7. What is the secondary struc

9、ture of this encoded protein (Protein structure prediction)?8. What is the 3D structure of this encoded protein (Protein structure determination)?9. What else proteins might associate with this protein (protein-protein interactions, DIP)?10. What is the function(s) of this gene/protein (Protein function prediction)?11. What is the interpretation of this gene/protein in terms of gene ontology (Gene)?相信大家都看得懂才有鬼，不過這些都是之前上課的內(nèi)容，去買兔複習(xí)一下應(yīng)該都找的到找答案的方法。所謂找答案的方法通常都是一堆英文網(wǎng)站，上面密密麻麻都是英文字。要花點耐心找出答案，有些是要你用一些網(wǎng)站去預(yù)測蛋白質(zhì)的3