常見系統(tǒng)發(fā)育軟件使用

1、精品常見系統(tǒng)發(fā)育軟件使用方法Xie Lei BJFUPaup MP 流程:Mac準(zhǔn)備nex文件(interleave 和noninterleave均可)存入新建文件夾拖入paup 或用 paup 打開fexecute f log file f cstatus f tstatus f hsearch fdefine outgroup f roottrees f savetrees f describetrees fcontree(save to file) -save pict f bootstrap(savetree file) -printbootstrap tree save pict.

2、stop log.PC版操作，可將附錄批處理文件內(nèi)容粘貼至nex文件后面，execute即可。Paup ML 流程：Mac準(zhǔn)備nex文件(interleave 和noninterleave 均可)存入新建文件夾拖入 paup 或用 paup 打開fexecute f從 modeltest 軟件中打開 paupblock 運(yùn)算 檢測(cè)模型-生成score file f打開modeltest中的bin讀取score數(shù)據(jù)生成結(jié) 果文檔存檔并打開此文檔fAICf將begin paup的運(yùn)算模塊貼至原nex數(shù)據(jù) 文件后面-重新將其拖入paup運(yùn)行選才M ML運(yùn)算模式-hsearch f打印樹圖 f sav

3、e pict. fbootstrap.PC版操作，可將附錄5批處理文件內(nèi)容粘貼至nex文件后面，execute即可。感謝下載載精品Garli運(yùn)算ML流程：準(zhǔn)備nex文件（interleave） - 存入新建文件夾拖入paup 或用paup 打開 f execute f輸出noninterleave 文檔（若直接是noninterleave 上述過程省略， 又如果是PC機(jī)paup ,無菜單操作，可在paup命令行中4U入附錄1*的命令回 車即可生成noninterleave 數(shù)據(jù)）。使用noninterleave 文檔（數(shù)據(jù)中類群名稱不得有單引號(hào)，空格，所有方括號(hào)中 內(nèi)容刪除）新建文件夾存入按照

4、流程2進(jìn)彳T modeltest f在蘋果機(jī)上打開 Garli -導(dǎo)入數(shù)據(jù)-把model定好frun（切記此處不要激 bootstrap 選項(xiàng)） 將上次運(yùn)算數(shù)據(jù)拷貝至一新建文件夾 -導(dǎo)入蘋果版Garli -激活bootstrap選項(xiàng) 定好 model frun所有結(jié)果用paup軟件打開fsave pict f打開bootstrap 樹做50% majority rule contree fsave pict.注：Garli蘋果和PC版都有，但是操作不同。數(shù)據(jù)格式：和算PAUP一樣的nexus格式，但是這個(gè)格式有很多注意事項(xiàng)，一些 常見的小錯(cuò)誤會(huì)造成軟件無法運(yùn)行。參見下列常見問題：一定要noni

5、nterleave的數(shù)據(jù)，否則軟件無法運(yùn)算雖然在mrbayes和paup中不成問題但是在garli中有影響，里面內(nèi)容在算之 前全部刪除為好。taxon名稱中可以有下劃線但是不得有空格，逗號(hào)句點(diǎn)等，否則無法運(yùn)行。Mac版感謝下載載精品GUI的菜單界面，只要有上述正確的nexus格式的數(shù)據(jù)文件即可運(yùn)算。PC版Nex format plus a command file每次使用時(shí)拷貝一個(gè)軟件的文件夾，將此文件夾重新命名（盡量清楚易查詢）。將正確的數(shù)據(jù)文件拷貝到此文件夾下（與garli運(yùn)行程序在同一目錄下）。編輯命令文檔（名稱是garli ）,進(jìn)行參數(shù)設(shè)置。完成后雙擊 garli運(yùn)行程序圖標(biāo)即可運(yùn)Ba

6、yes 流程N(yùn)oninterleave 文件貼運(yùn)算程序到文件后面（見附錄）將其拷貝至MrBayes 文件夾下打開運(yùn)行程序-execute文件名.擴(kuò)展名運(yùn)算結(jié)束后用paup運(yùn)行 源文件從.t 文件中取樹fburnin f做 50% majority rule contree fsave pict.r8s流程按照流程2進(jìn)行modeltest -按照流程2進(jìn)行ML運(yùn)算-運(yùn)算結(jié)束print tree - 檢查這棵帶枝長的樹是否有分支長度為 0的分支-如果有在restore和delete taxa中將這些類群去除存儲(chǔ)帶枝長的樹到file（nex格式）f將樹的taxa名稱 更換為實(shí)際類群名稱-將樹文件貼至

7、運(yùn)算模版（見附錄）-首先進(jìn)行第一步cross validate f得到smooth 值替換smooth 值再算一遍即可。注：r8s:該軟件與BEAST不同，是對(duì)已存在的樹進(jìn)行操作，校訂分子鐘。算法為 PL法感謝下載載精品先選擇模型算出一個(gè)ML樹（要帶枝長），注意如果要用這個(gè)樹算r8s要保證該樹 各個(gè)分支清晰，有較高的分辨率，沒有 0枝長分枝和polytomy。在這個(gè)樹的tre的nexus文件上面編輯各種命令，然后輸入r8s進(jìn)行運(yùn)算。一定要固定 root , ingroup 最好有一個(gè)以上的 constraints.運(yùn)算兩次，第一次為cross-validation 得出smooth value

8、 ,第二次再設(shè)置這個(gè) 值算出最終結(jié)果。BEAST流程N(yùn)oninterleave 文檔 -BEAUTI打開-定義節(jié)點(diǎn)-基本設(shè)置-化石點(diǎn)標(biāo)定- 生成xml文檔-BEAST打開運(yùn)算-運(yùn) 算完成fTacer打開log 文件 fTreeAnnotator 打開樹文件-生成out文件-Figtree打開out文件。DIVA在數(shù)據(jù)文件中確定樹形，標(biāo)注分布區(qū)，然后運(yùn)算open DIVAproc filename.txt;optimize;Batch: optimize maxareas=8 weight=0.5 bound=200 hold=10000;Haplotype network簡明流程:1、NETW

9、ORK 4.5感謝下載載精品用DNASP軟件打開fas或者nex文件-另存為Roehl File Format 文件（rdf 格式）-用NETWORK打開-進(jìn)行編輯（更改名稱、連續(xù)的 gap合并、添 加刪除序列等）后保存選才M Median Joining 進(jìn)彳T calculate network f 在 新出現(xiàn)的窗口中導(dǎo)入rdf文件（也可以在這一步直接導(dǎo)入noninterleave 的nex 文件而省去以上步驟，但是不能重新編輯） f設(shè)置參數(shù)后進(jìn)行計(jì)算，生成 out 格式的輸出文件選 draw network ，在新窗口中導(dǎo)入out文件-按照提 示就可以生成network圖，保存fdi文件

10、或可另存為bmp或者pdf文件。2、TCS 1.21準(zhǔn)備noninterleave 的nex或者phy文件-導(dǎo)入TCS f 設(shè)置Parsimony Limit 或 Fix connection Limit ,并定義 gap 后點(diǎn)擊 run f 運(yùn)行完成后就會(huì)自 動(dòng)生成network圖，編輯后保存 GML文件或可另存為postscript 或者PICT 文件。.推薦使用：Mega 5.全能系統(tǒng)發(fā)育分析軟件，從序列校對(duì)到系統(tǒng)發(fā)育分析、分子鐘、性狀 演化、居群分析全能做。Mesquite 2.7也很全能，但是主要還是做性狀演化分析。McClade是其收費(fèi)版。TNT是原來的Hennig86，做系統(tǒng)發(fā)育

11、分析。PAST十分強(qiáng)大的統(tǒng)計(jì)軟件，居群分析，分類學(xué)的 morphometric分析很好。S-DIVA川大開發(fā)的帶統(tǒng)計(jì)功能的地理分析軟件。建議訪問： HYPERLINK /phylip/software.html /phylip/software.html感謝下載載精品附錄1.最大簡約法分析批處理文件begin PAUP;log file=hsearch1.log;set autoclose=yes;set maxtrees=100 increase=auto;hsearch start=stepwise addseq=random nreps=1000 savereps=yes randomi

12、ze=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yes nchuck=200 chuckscore=1;savetrees file=hsearch1.all.tre brlens=yes;filter best=yes permdel=yes;savetrees file=hsearch1.best.tre;gettrees file=hsearch1.best.tre;contree all/majrule=yes treefile=contree.tre;log stop;end;begin PAUP;log file=hsearch1.lo

13、g;set autoclose=yes;set maxtrees=100 increase=auto;感謝下載載精品hsearch start=stepwise addseq=random nreps=1000 savereps=yesrandomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yes;savetrees file=hsearch1.all.tre brlens=yes;filter best=yes permdel=yes;savetrees file=hsearch1.best.tre;gettrees file=hsearc

14、h1.best.tre;contree all/majrule=yes treefile=contree.tre;log stop;end;2的策略較好，是hsearch中首選，而如果此程序運(yùn)算時(shí)間太長則用上面一個(gè)程 序。本實(shí)用方法只提供hsearch ,而branch and bound 和exhaustive方法省略。附錄1*export format=nexus interleaved=no file=temp.txt （止匕 為生成 noninterleave 文件命令）附錄2. ILD分析;endblock;charpartition dna=ITS:1-848,trnLF:849-

15、3051;begin paup;感謝下載載精品set criterion=parsimony;log file=iscap.hom;hompart part=dna nreps=100/addseq=random;hsearch swap=tbr;endblock;附錄3. Bayes分析.單一模型begin mrbayes;nchains=4lset nst=6 rates=gamma;mcmcp ngen=2000000 printfreq=1000 samplefreq=100savebrlens=yes filename=P_combined;mcmc;sumt filename=P_

16、combined.t burnin=2000;end;Begin mrbayes;.多模型begin mrbayes;charset its=1-622;charset trnlf=623-1696;charset matk=1697-3221;感謝下載載精品charset chs=3222-4406;charset psbm2trnd=4407-5506;charset psbm=5507-6279;charset gpd=6280-6972;charset LFY=6973-8426;partition Names = 8: its, trnlf, matk, chs, psbm2trnd

17、, psbm, gpd, LFY;end;begin mrbayes;The following lines set up a model in which all four genes have their unique GTR + gamma+ propinv modelset partition=Names;prset ratepr=variable;lset applyto=(1,2,3,4,5,6,7) nst=6;lset applyto=(8) nst=2 rates=gamma;unlink shape=(all) pinvar=(all);end;begin mrbayes;

18、感謝下載載精品mcmcp ngen=100000 printfreq=1000 samplefreq=100 nchains=4savebrlens=yes filename=solms8mys;mcmc;sumt filename=solms8.t burnin=3000;end;.帶支長contree的運(yùn)算batchbegin mrbayes;log start filename=cp.log;mcmc filename=cp ngen=2000000 samplefreq=100;sumpburnin=5000filename=cpprinttofile=yesoutputname=cp

19、.sump;sumt burnin=5000 filename=cp contype=allcompat;log stop;end;附錄4. bootstrap 分析begin paup;log file=bootstrap.log;set maxtrees=100 increase=auto;set criterion=parsimony;set root=outgroup;感謝下載載精品outgroup 56 57;bootstrap nreps=1000 conlevel=50 treefile=bootstrap.tre keepall=yes cutoffpct=50/start=stepwise addseq=random nreps=1