1-劉紅星-綜合性血液病分子診斷體系課件

綜合性血液病分子診斷體系

的建立和實(shí)踐劉紅星lhongxing@陸道培血液?腫瘤中心分子診斷室綜合性血液病分子診斷體系

的建立和實(shí)踐劉紅星lhon我們一直在進(jìn)步更強(qiáng)的團(tuán)隊(duì)力量更好的硬件支持更多的新項(xiàng)目?jī)?yōu)化的項(xiàng)目設(shè)置我們一直在進(jìn)步更強(qiáng)的團(tuán)隊(duì)力量血液病診斷和治療已經(jīng)進(jìn)入分子生物學(xué)時(shí)代分類標(biāo)準(zhǔn)：1985FABWHO200120081960年1973年1985年1995年1997年2001年

2008年2011年

鑒定Ph染色體鑒定t(9;22)易位鑒定BCR-ABL1STI571臨床試驗(yàn)FDA批準(zhǔn)ImatinibBCR-ABL1定量標(biāo)準(zhǔn)化會(huì)議1985~1988年Mullis等發(fā)明PCR技術(shù)HGP，1985年提出，1990年啟動(dòng)2000年，人類基因組草圖完成2003年，HGP完成，后基因組時(shí)代開始第二代測(cè)序技術(shù)熒光定量PCR技術(shù)第一臺(tái)毛細(xì)管基因測(cè)序儀生物信息：檢測(cè)技術(shù)：第二代測(cè)序臨床應(yīng)用定量PCR臨床應(yīng)用定性PCR臨床應(yīng)用血液病診斷和治療已經(jīng)進(jìn)入分子生物學(xué)時(shí)代分類標(biāo)準(zhǔn)：基因組學(xué)的研究推動(dòng)疾病分子標(biāo)記

的發(fā)現(xiàn)和臨床應(yīng)用97.3%的AML患者攜帶其中一種或以上的基因突變預(yù)后差：FLT3-ITD、MLL-PTD、ASXL1、PHF6預(yù)后好：CEBPA、IDH2、NPM1伴IDH1/IDH2突變伴DNMT3A、NPM1突變、MLL易位患者，采用大劑量的柔紅霉素治療可提高生存率PrognosticRelevanceofIntegratedGeneticProfilinginAcuteMyeloidLeukemiaJayP.Patel,etal.,NEnglJMed2012;366:1079-89基因組學(xué)的研究推動(dòng)疾病分子標(biāo)記

的發(fā)現(xiàn)和臨床應(yīng)用97.3%的腫瘤的突變組每一個(gè)腫瘤的發(fā)生都是一個(gè)基因團(tuán)伙在犯罪每一個(gè)腫瘤基因組都是不同的基因突變的組合白血病分子診斷只根據(jù)一種融合基因分類的患者仍有異質(zhì)性AML1-ETO

VS.AML1-ETO+KIT突變只檢測(cè)一種突變也是不夠的NPM1VS.FLT3

VS.NPM1+FLT3新的突變出現(xiàn)提前可能預(yù)示臨床進(jìn)展急變、耐藥等對(duì)腫瘤突變組的全面了解有助于指導(dǎo)個(gè)性化治療腫瘤的突變組每一個(gè)腫瘤的發(fā)生都是一個(gè)基因團(tuán)伙在犯罪分子診斷的發(fā)展趨勢(shì)及挑戰(zhàn)LucyA.Godley,DOI:0.1056/NEJMe1200409分子診斷的發(fā)展趨勢(shì)及挑戰(zhàn)LucyA.Godley,D分子診斷臨床應(yīng)用遇到的問(wèn)題臨床醫(yī)師如何認(rèn)識(shí)新的項(xiàng)目？實(shí)驗(yàn)室如果向臨床醫(yī)師推薦新的項(xiàng)目？如何提高突變的檢測(cè)靈敏度？如何降低檢測(cè)費(fèi)用？提高發(fā)現(xiàn)分子標(biāo)記的速度？分子診斷臨床應(yīng)用遇到的問(wèn)題臨床醫(yī)師如何認(rèn)識(shí)新的項(xiàng)目？綜合性血液病分子診斷體系融合基因篩查定量監(jiān)測(cè)MRD耐藥、疾病進(jìn)展監(jiān)測(cè)基因突變篩查定量監(jiān)測(cè)MRD原癌基因表達(dá)譜定量監(jiān)測(cè)個(gè)體差異相關(guān)的藥物代謝、藥物不良反應(yīng)等其它項(xiàng)目：移植后嵌合狀態(tài)；IG、TCR克隆性；BCR-ABL1變異分析等孟德爾遺傳病：先天性免疫缺陷、范可尼貧血等綜合性血液病分子診斷體系融合基因篩查定量監(jiān)測(cè)MRD耐藥、疾病“活在當(dāng)下”與“追本溯源”用初治時(shí)的石蠟、形態(tài)涂片標(biāo)本進(jìn)行基因突變篩查從實(shí)驗(yàn)方案和流程設(shè)計(jì)上加快報(bào)告速度新技術(shù)的應(yīng)用和技術(shù)創(chuàng)新融合基因和基因突變篩查→針對(duì)性監(jiān)測(cè)降低總體檢測(cè)費(fèi)用，爭(zhēng)取寶貴時(shí)間內(nèi)容將不斷增加，價(jià)格一般不再調(diào)整綜合性血液病分子診斷體系“活在當(dāng)下”與“追本溯源”綜合性血液病分子診斷體系高通量基因測(cè)序的應(yīng)用降低單位檢測(cè)成本腫瘤“突變組”分析變?yōu)榭赡苌疃葴y(cè)序–突變MRD監(jiān)測(cè)IG、TCR免疫組庫(kù)分析高通量基因測(cè)序的應(yīng)用降低單位檢測(cè)成本白血病融合基因和基因突變檢測(cè)白血病融合基因和基因突變檢測(cè)V2.3版31種融合基因篩查V2.3版31種融合基因篩查新的融合基因篩查項(xiàng)目AML融合基因篩查（13種）AML1-EAP(1)；AML1-ETO(1)；AML1-MDS1(2)；CBFB-MYH11(8)；DEK-CAN(1)；NPM-ALK(1)；NPM-MLF1(1)；NPM-RARA(2)；PLZF-RARA(2)；PML-RARA(5)；SET-CAN(1)；TEL-ABL1(2)；TLS-ERG(5)ALL融合基因篩查（10種）BCR-ABL1(6)；E2A-HLF(3)；E2A-PBX1(2)；NPM-ALK(1)；NPM-MLF1(1)；SET-CAN(1)；SIL-TAL1(1)；TEL-ABL1(2)；TEL-AML1(2)；TLS-ERG(5)MPN融合基因篩查（23種）AML1-MDS1(2)；BCR-ABL1(6)；FIP1L1-PDGFRA(5)；TEL-ABL1(2)；18種PDGFRBfusiongene；TLS-ERG(5)MLL融合基因篩查(11種)MLL-PTD；MLL-AF1p(4)；MLL-AF1q(4)；MLL-AF4(12)；MLL-AF6(4)；MLL-AF9(8)；MLL-AF10(18)；MLL-AF17(1)；MLL-AFX(4)；MLL-ELL(8)；MLL-ENL(4)新的融合基因篩查項(xiàng)目AML融合基因篩查（13種）融合基因篩查的特點(diǎn)和意義從分子水平快速鑒定患者基因異常節(jié)省時(shí)間和總體費(fèi)用大多數(shù)情況下，某一患者只有一種融合基因陽(yáng)性提供按WHO2008標(biāo)準(zhǔn)分類的依據(jù)預(yù)后判斷和指導(dǎo)用藥提供靈敏的MRD監(jiān)測(cè)指標(biāo)融合基因篩查的特點(diǎn)和意義從分子水平快速鑒定患者基因異常病例：格列衛(wèi)治療FIP1L1-PDGFRA白血病男，43歲，貧血，血小板低，嗜酸粒細(xì)胞增多31種融合基因篩查：FIP1L1-PDGFRA陽(yáng)性格列衛(wèi)每周200mg→每周100mg治療血象很快轉(zhuǎn)為正常FIP1L1-PDGFRA定量逐漸降低2009072832.56%200910215.83%201004260.0089%病例：格列衛(wèi)治療FIP1L1-PDGFRA白血病男，43歲，基因突變篩查項(xiàng)目AML基因突變篩查（11種）CEBPA；DNMT3A；FLT3-ITD/TKD；IDH1；IDH2；KIT；KRAS；NPM1；NRAS；TET2；WT1ALL基因突變篩查（11種）FBXW7；FLT3；KRAS；IKZF1；JAK1；JAK2；NOTCH1；NRAS；PAX5；PHF6；MLL-PTDMPN基因突變篩查（7種）IDH1；IDH2；JAK2；KIT；MPL；SH2B3(LNK)；TET2MDS基因突變篩查（8種）DNMT3A；IDH1；IDH2；JAK2；MPL；SF3B1；SRSF2；TET2基因突變篩查項(xiàng)目AML基因突變篩查（11種）基因突變篩查的特點(diǎn)和意義同一患者可能同時(shí)存在多種基因突變可與融合基因或其它基因突變同時(shí)存在同一患者的同一基因可能存在不同的突變克隆性判斷；診斷分型；預(yù)后判斷；個(gè)體化用藥基因突變?cè)诩膊“l(fā)展過(guò)程中可能會(huì)變化FLT3、IKZF1等，與疾病進(jìn)展有關(guān)目前大多數(shù)基因突變作為MRD監(jiān)測(cè)指標(biāo)有困難用高通量測(cè)序進(jìn)行深度測(cè)序分析可幫助實(shí)現(xiàn)可以用初診時(shí)的石蠟、涂片標(biāo)本回顧性分析基因突變篩查的特點(diǎn)和意義同一患者可能同時(shí)存在多種基因突變KIT基因突變主要見于伴inv(16)/CBFB-MYH11融合基因的M4和伴t(8;21)/AML1-ETO的M2伴KIT突變的患者預(yù)后相對(duì)較差伴KIT突變的患者用格列衛(wèi)治療有一定效果KIT基因突變主要見于伴inv(16)/CBFB-MYH1IKZF1基因突變主要見于ALL約20%兒童B-ALL；30%成人B-ALL；5%

T-ALL約63.0～83.7%的BCR-ABL1陽(yáng)性B-ALL約20%染色體核型正常的B-ALL患者M(jìn)LL融合基因陽(yáng)性的ALL患者常伴IKZF1突變B-ALL患者獨(dú)立的預(yù)后不良因素CML患者急淋變時(shí)約86%發(fā)生IKZF1突變建議CML患者復(fù)診時(shí)檢測(cè)，可提前預(yù)警急變IKZF1基因突變主要見于ALL病例男，30歲，形態(tài)學(xué)為M1型，柔紅霉素+阿糖胞苷化療一療程后NPM1突變陽(yáng)性42.15%FLT3突變陽(yáng)性31種融合基因陰性，HOX11表達(dá)陽(yáng)性病例男，30歲，形態(tài)學(xué)為M1型，柔紅霉素+阿糖胞苷化療一療程血液系統(tǒng)遺傳病分子診斷血液系統(tǒng)遺傳病分子診斷血液系統(tǒng)遺傳病檢測(cè)項(xiàng)目噬血細(xì)胞綜合征相關(guān)基因突變PRF1、UNC13D、STXBP2、STX11SH2D1A、XIAP范可尼貧血基因突變FANCA60%、FANCC

15%、FANCG

10%

WAS綜合征遺傳性鐵粒幼細(xì)胞性貧血血液系統(tǒng)遺傳病檢測(cè)項(xiàng)目噬血細(xì)胞綜合征相關(guān)基因突變噬血細(xì)胞綜合征相關(guān)基因突變

和皰疹病毒檢查結(jié)果基因突變譜型皰疹病毒感染譜型噬血細(xì)胞綜合征相關(guān)基因突變

和皰疹病毒檢查結(jié)果基因突變譜型皰先天遺傳因素和疾病表型關(guān)系先天遺傳因素由弱到強(qiáng)的一組病因相關(guān)的癥候群？FHL，XLPCAEBVEBV相關(guān)淋巴瘤IM先天遺傳因素和疾病表型關(guān)系先天遺傳因素由弱到強(qiáng)的一組病因相關(guān)范可尼貧血突變檢測(cè)部分患者可無(wú)顯著的先天畸形部分患者可染色體斷裂實(shí)驗(yàn)陰性而基因突變陽(yáng)性，不能相互替代可提供范可尼貧血與繼發(fā)再障鑒別診斷的依據(jù)范可尼貧血突變檢測(cè)部分患者可無(wú)顯著的先天畸形范可尼貧血基因突變患者示例女，6歲，患者骨髓造血衰竭、發(fā)育遲緩、身材矮小、皮膚黑、兩眼間距寬、多指。染色體斷裂實(shí)驗(yàn)及彗星電泳實(shí)驗(yàn)結(jié)果陽(yáng)性。c.989_995delACAGCCC/p.H330LfsX2c.3971C>T/p.P1324L范可尼貧血基因突變患者示例女，6歲，患者骨髓造血衰竭、發(fā)育遲致謝分子診斷室：王芳、滕文、王巖、牛倩、王旭、郭磊、王昊、樊江燕、管少帥、王綿綿、尹青檢驗(yàn)科其它實(shí)驗(yàn)室和臨床協(xié)作其它協(xié)作醫(yī)院Email:lhongxing@新浪微博：解碼生命-劉紅星致謝分子診斷室：Email:lhongxing@gmail綜合性血液病分子診斷體系

的建立和實(shí)踐劉紅星lhongxing@陸道培血液?腫瘤中心分子診斷室綜合性血液病分子診斷體系

的建立和實(shí)踐劉紅星lhon我們一直在進(jìn)步更強(qiáng)的團(tuán)隊(duì)力量更好的硬件支持更多的新項(xiàng)目?jī)?yōu)化的項(xiàng)目設(shè)置我們一直在進(jìn)步更強(qiáng)的團(tuán)隊(duì)力量血液病診斷和治療已經(jīng)進(jìn)入分子生物學(xué)時(shí)代分類標(biāo)準(zhǔn)：1985FABWHO200120081960年1973年1985年1995年1997年2001年

2008年2011年

鑒定Ph染色體鑒定t(9;22)易位鑒定BCR-ABL1STI571臨床試驗(yàn)FDA批準(zhǔn)ImatinibBCR-ABL1定量標(biāo)準(zhǔn)化會(huì)議1985~1988年Mullis等發(fā)明PCR技術(shù)HGP，1985年提出，1990年啟動(dòng)2000年，人類基因組草圖完成2003年，HGP完成，后基因組時(shí)代開始第二代測(cè)序技術(shù)熒光定量PCR技術(shù)第一臺(tái)毛細(xì)管基因測(cè)序儀生物信息：檢測(cè)技術(shù)：第二代測(cè)序臨床應(yīng)用定量PCR臨床應(yīng)用定性PCR臨床應(yīng)用血液病診斷和治療已經(jīng)進(jìn)入分子生物學(xué)時(shí)代分類標(biāo)準(zhǔn)：基因組學(xué)的研究推動(dòng)疾病分子標(biāo)記

的發(fā)現(xiàn)和臨床應(yīng)用97.3%的AML患者攜帶其中一種或以上的基因突變預(yù)后差：FLT3-ITD、MLL-PTD、ASXL1、PHF6預(yù)后好：CEBPA、IDH2、NPM1伴IDH1/IDH2突變伴DNMT3A、NPM1突變、MLL易位患者，采用大劑量的柔紅霉素治療可提高生存率PrognosticRelevanceofIntegratedGeneticProfilinginAcuteMyeloidLeukemiaJayP.Patel,etal.,NEnglJMed2012;366:1079-89基因組學(xué)的研究推動(dòng)疾病分子標(biāo)記

的發(fā)現(xiàn)和臨床應(yīng)用97.3%的腫瘤的突變組每一個(gè)腫瘤的發(fā)生都是一個(gè)基因團(tuán)伙在犯罪每一個(gè)腫瘤基因組都是不同的基因突變的組合白血病分子診斷只根據(jù)一種融合基因分類的患者仍有異質(zhì)性AML1-ETO

VS.AML1-ETO+KIT突變只檢測(cè)一種突變也是不夠的NPM1VS.FLT3

VS.NPM1+FLT3新的突變出現(xiàn)提前可能預(yù)示臨床進(jìn)展急變、耐藥等對(duì)腫瘤突變組的全面了解有助于指導(dǎo)個(gè)性化治療腫瘤的突變組每一個(gè)腫瘤的發(fā)生都是一個(gè)基因團(tuán)伙在犯罪分子診斷的發(fā)展趨勢(shì)及挑戰(zhàn)LucyA.Godley,DOI:0.1056/NEJMe1200409分子診斷的發(fā)展趨勢(shì)及挑戰(zhàn)LucyA.Godley,D分子診斷臨床應(yīng)用遇到的問(wèn)題臨床醫(yī)師如何認(rèn)識(shí)新的項(xiàng)目？實(shí)驗(yàn)室如果向臨床醫(yī)師推薦新的項(xiàng)目？如何提高突變的檢測(cè)靈敏度？如何降低檢測(cè)費(fèi)用？提高發(fā)現(xiàn)分子標(biāo)記的速度？分子診斷臨床應(yīng)用遇到的問(wèn)題臨床醫(yī)師如何認(rèn)識(shí)新的項(xiàng)目？綜合性血液病分子診斷體系融合基因篩查定量監(jiān)測(cè)MRD耐藥、疾病進(jìn)展監(jiān)測(cè)基因突變篩查定量監(jiān)測(cè)MRD原癌基因表達(dá)譜定量監(jiān)測(cè)個(gè)體差異相關(guān)的藥物代謝、藥物不良反應(yīng)等其它項(xiàng)目：移植后嵌合狀態(tài)；IG、TCR克隆性；BCR-ABL1變異分析等孟德爾遺傳病：先天性免疫缺陷、范可尼貧血等綜合性血液病分子診斷體系融合基因篩查定量監(jiān)測(cè)MRD耐藥、疾病“活在當(dāng)下”與“追本溯源”用初治時(shí)的石蠟、形態(tài)涂片標(biāo)本進(jìn)行基因突變篩查從實(shí)驗(yàn)方案和流程設(shè)計(jì)上加快報(bào)告速度新技術(shù)的應(yīng)用和技術(shù)創(chuàng)新融合基因和基因突變篩查→針對(duì)性監(jiān)測(cè)降低總體檢測(cè)費(fèi)用，爭(zhēng)取寶貴時(shí)間內(nèi)容將不斷增加，價(jià)格一般不再調(diào)整綜合性血液病分子診斷體系“活在當(dāng)下”與“追本溯源”綜合性血液病分子診斷體系高通量基因測(cè)序的應(yīng)用降低單位檢測(cè)成本腫瘤“突變組”分析變?yōu)榭赡苌疃葴y(cè)序–突變MRD監(jiān)測(cè)IG、TCR免疫組庫(kù)分析高通量基因測(cè)序的應(yīng)用降低單位檢測(cè)成本白血病融合基因和基因突變檢測(cè)白血病融合基因和基因突變檢測(cè)V2.3版31種融合基因篩查V2.3版31種融合基因篩查新的融合基因篩查項(xiàng)目AML融合基因篩查（13種）AML1-EAP(1)；AML1-ETO(1)；AML1-MDS1(2)；CBFB-MYH11(8)；DEK-CAN(1)；NPM-ALK(1)；NPM-MLF1(1)；NPM-RARA(2)；PLZF-RARA(2)；PML-RARA(5)；SET-CAN(1)；TEL-ABL1(2)；TLS-ERG(5)ALL融合基因篩查（10種）BCR-ABL1(6)；E2A-HLF(3)；E2A-PBX1(2)；NPM-ALK(1)；NPM-MLF1(1)；SET-CAN(1)；SIL-TAL1(1)；TEL-ABL1(2)；TEL-AML1(2)；TLS-ERG(5)MPN融合基因篩查（23種）AML1-MDS1(2)；BCR-ABL1(6)；FIP1L1-PDGFRA(5)；TEL-ABL1(2)；18種PDGFRBfusiongene；TLS-ERG(5)MLL融合基因篩查(11種)MLL-PTD；MLL-AF1p(4)；MLL-AF1q(4)；MLL-AF4(12)；MLL-AF6(4)；MLL-AF9(8)；MLL-AF10(18)；MLL-AF17(1)；MLL-AFX(4)；MLL-ELL(8)；MLL-ENL(4)新的融合基因篩查項(xiàng)目AML融合基因篩查（13種）融合基因篩查的特點(diǎn)和意義從分子水平快速鑒定患者基因異常節(jié)省時(shí)間和總體費(fèi)用大多數(shù)情況下，某一患者只有一種融合基因陽(yáng)性提供按WHO2008標(biāo)準(zhǔn)分類的依據(jù)預(yù)后判斷和指導(dǎo)用藥提供靈敏的MRD監(jiān)測(cè)指標(biāo)融合基因篩查的特點(diǎn)和意義從分子水平快速鑒定患者基因異常病例：格列衛(wèi)治療FIP1L1-PDGFRA白血病男，43歲，貧血，血小板低，嗜酸粒細(xì)胞增多31種融合基因篩查：FIP1L1-PDGFRA陽(yáng)性格列衛(wèi)每周200mg→每周100mg治療血象很快轉(zhuǎn)為正常FIP1L1-PDGFRA定量逐漸降低2009072832.56%200910215.83%201004260.0089%病例：格列衛(wèi)治療FIP1L1-PDGFRA白血病男，43歲，基因突變篩查項(xiàng)目AML基因突變篩查（11種）CEBPA；DNMT3A；FLT3-ITD/TKD；IDH1；IDH2；KIT；KRAS；NPM1；NRAS；TET2；WT1ALL基因突變篩查（11種）FBXW7；FLT3；KRAS；IKZF1；JAK1；JAK2；NOTCH1；NRAS；PAX5；PHF6；MLL-PTDMPN基因突變篩查（7種）IDH1；IDH2；JAK2；KIT；MPL；SH2B3(LNK)；TET2MDS基因突變篩查（8種）DNMT3A；IDH1；IDH2；JAK2；MPL；SF3B1；SRSF2；TET2基因突變篩查項(xiàng)目AML基因突變篩查（11種）基因突變篩查的特點(diǎn)和意義同一患者可能同時(shí)存在多種基因突變可與融合基因或其它基因突變同時(shí)存在同一患者的同一基因可能存在不同的突變克隆性判斷；診斷分型；預(yù)后判斷；個(gè)體化用藥基因突變?cè)诩膊“l(fā)展過(guò)程中可能會(huì)變化FLT3、IKZF1等，與疾病進(jìn)展有關(guān)目前大多數(shù)基因突變作為MRD監(jiān)測(cè)指標(biāo)有困難用高通量測(cè)序進(jìn)行深度測(cè)序分析可幫助實(shí)現(xiàn)可以用初診時(shí)的石蠟、涂片標(biāo)本回顧性分析基因突變篩查的特點(diǎn)和意義同一患者可能同時(shí)存在多種基因突變KIT基因突變主要見于伴inv(16)/CBFB-MYH11融合基因的M4和伴t(8;21)/AML1-ETO的M2伴KIT突變的患者預(yù)后相對(duì)較差伴KIT突變的患者用格列衛(wèi)治療有一定效果KIT基因突變主要見于伴inv(16)/CBFB-MYH1IKZF1基因突變主要見于ALL約20%兒童B-ALL；30%成人B-ALL；5%

T-ALL約63.0～83.7%的BCR-ABL1陽(yáng)性B-ALL約20%染色體核型正常的B-ALL患者M(jìn)LL融合基因陽(yáng)性的ALL患者常伴IKZF1突變B-ALL患者獨(dú)立的預(yù)