蛋白質組學研究中的生物信息學課件

第4講：基于生物質譜數(shù)據(jù)的

互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫搜索母昭德碩士生學位課程：蛋白質組學第4講：基于生物質譜數(shù)據(jù)的

互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫搜索1本講所要介紹的內容提要Ⅰ、生物信息學的一般情況Ⅱ、有關數(shù)據(jù)庫的基礎知識Ⅲ、由雙向聚丙烯酰胺凝膠電泳鑒別的蛋白質數(shù)據(jù)庫Ⅳ、目前利用生物質譜數(shù)據(jù)進行搜索時相關的主要數(shù)據(jù)庫Ⅴ、搜索引擎-ExPASyⅥ、以生物質譜數(shù)據(jù)從互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫進行搜索本講所要介紹的內容提要Ⅰ、生物信息學的一般情況2Ⅰ、生物信息學的一般情況生物信息學（Bioinformatics）是一門新興的交叉學科，它包括了生物信息的獲取、處理、存取、發(fā)布、分析、和解釋等在內的所有方面。生物信息學綜合運用生物學、數(shù)學、計算機科學的各種工具，來闡明和理解大量數(shù)據(jù)所包含的生物學意義。Ⅰ、生物信息學的一般情況生物信息學（Bioinformat3生物信息學

在蛋白質組學中的應用概況生物信息學已經成為蛋白組學研究中必不可少的組成部分，其應用包括：編碼的DNA序列的尋找與分析蛋白質序列信息的獲取蛋白質鑒定和性質預測蛋白質結構和功能預測蛋白質序列分析數(shù)據(jù)的分析與整合生物信息學

在蛋白質組學中的應用概況生物信息學已經成為蛋白4Ⅱ、有關數(shù)據(jù)庫的基礎知識生物信息學數(shù)據(jù)庫：是長期存放在計算機內，有組織的、可共享的、表明了一些事實性的信息的數(shù)據(jù)集合。數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)：是一個可實際運行的存儲、維護和應用系統(tǒng)，是提供數(shù)據(jù)的軟件系統(tǒng)，是存儲介質、處理對象和管理系統(tǒng)的集合體。數(shù)據(jù)庫是生物信息學的基礎。AlbertoLabarga,FranckValentin,MikaelAnderson,andRodrigoLopez.WebServicesattheEuropeanBioinformaticsInstitute.NucleicAcidsRes.,2007;35:W6～W11Ⅱ、有關數(shù)據(jù)庫的基礎知識生物信息學數(shù)據(jù)庫：是長期存放在計算5NucleicAcidsResearch》雜志在其每年的第一期中詳細介紹最新版本的各種數(shù)據(jù)庫。在2000年1月1日出版的28卷第一期115種通用和專用數(shù)據(jù)庫，包括其詳盡描述和訪問網(wǎng)址。至2006年，生物信息學數(shù)據(jù)庫總數(shù)已達858個。至2009年，生物信息學數(shù)據(jù)庫總數(shù)已達1170個。

《NucleicAcidsResearch》雜志

/NucleicAcidsResearch》雜志在其每年的6所介紹的相關數(shù)據(jù)庫及其主要分類1

核酸序列數(shù)據(jù)庫2.RNA序列數(shù)據(jù)庫3.蛋白質序列數(shù)據(jù)庫4.結構數(shù)據(jù)庫5.基因組數(shù)據(jù)庫（非脊椎動物）6.代謝酶相關產物7.人類和其他脊椎動物基因組8.人類基因和疾病9.其他數(shù)據(jù)和其他基因表達數(shù)據(jù)庫10.蛋白組資源11.其他分子生物學數(shù)據(jù)庫12.細胞器官數(shù)據(jù)庫13.植物數(shù)據(jù)庫14.免疫學數(shù)據(jù)庫所介紹的相關數(shù)據(jù)庫及其主要分類1核酸序列數(shù)據(jù)庫7生物信息學的基本構架染色體基因組圖譜基因組數(shù)據(jù)庫核酸DNA序列核酸序列數(shù)據(jù)庫蛋白質序列蛋白質序列數(shù)據(jù)庫蛋白質結構蛋白質結構數(shù)據(jù)庫蛋白質基因組作圖序列測定結構測定生物信息學數(shù)據(jù)庫工具生物信息學數(shù)據(jù)庫工具二次數(shù)據(jù)庫；復合數(shù)據(jù)庫生物信息學的基本構架染色體基因組圖譜基因組數(shù)據(jù)庫核酸DNA序8生物信息數(shù)據(jù)庫的類別以建庫的方式而論,大致可分為四類:一級數(shù)據(jù)庫(primarydatabase)二級數(shù)據(jù)庫(secondarydatabase)專家?guī)煺蠑?shù)據(jù)庫生物信息數(shù)據(jù)庫的類別以建庫的方式而論,大致可分為四類:9基于肽質量指紋譜（PMF）

信息的數(shù)據(jù)庫搜索Asetofpeptidemolecularweightsfromanenzymedigestofaprotein基于肽質量指紋譜（PMF）

信息的數(shù)據(jù)庫搜索Asetof10蛋白質酶解肽的混合物PMFProtein/DNA數(shù)據(jù)庫搜索引擎Searchengine數(shù)據(jù)庫搜索結果蛋白質酶解肽的混合物PMFProtein/DNA搜索引擎數(shù)據(jù)11肽質量指紋圖數(shù)據(jù)的檢索…1503.6049701504.6035151505.6060801506.6353441548.6147291549.6358831550.628364…ImportmasslistintoproteindatabasesearchprogramSetsearchparametersSubmitsearchandlookforpeptidesmatchesindatabaseMasslistfromspectrum肽質量指紋圖數(shù)據(jù)的檢索…Importmasslisti12現(xiàn)行的PMF軟件工具現(xiàn)行的PMF軟件工具13重點介紹MSFit重點介紹MSFit14以相關的質譜實驗數(shù)據(jù)從序列數(shù)據(jù)庫中進行發(fā)掘的蛋白質組學工具。以相關的質譜實驗數(shù)據(jù)從序列數(shù)據(jù)庫中進行發(fā)掘的蛋白質組學工具。15MSFitMSFit16可選的數(shù)據(jù)庫可選的數(shù)據(jù)庫17可選的物種可選的物種18蛋白質組學研究中的生物信息學課件19蛋白質組學研究中的生物信息學課件20可選的質譜儀可選的質譜儀21可選的酶可選的酶22翻譯后修飾種類的選擇翻譯后修飾種類的選擇23質譜數(shù)據(jù)輸入框質譜數(shù)據(jù)輸入框24蛋白質組學研究中的生物信息學課件25MOWSEscore:MOlecularWeightSearch,ScoringbasedonpeptidefrequencydistributionfromtheOWLnonredundantDatabase%cov:totalaacoverage%tic:fragmentscoverageMOWSEscore:MOlecular26復習題1、如何利用PMF數(shù)據(jù)從互聯(lián)網(wǎng)進行數(shù)據(jù)庫搜索？復習題1、如何利用PMF數(shù)據(jù)從互聯(lián)網(wǎng)進行數(shù)據(jù)庫搜索？27第4講：基于生物質譜數(shù)據(jù)的

互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫搜索母昭德碩士生學位課程：蛋白質組學第4講：基于生物質譜數(shù)據(jù)的

互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫搜索28本講所要介紹的內容提要Ⅰ、生物信息學的一般情況Ⅱ、有關數(shù)據(jù)庫的基礎知識Ⅲ、由雙向聚丙烯酰胺凝膠電泳鑒別的蛋白質數(shù)據(jù)庫Ⅳ、目前利用生物質譜數(shù)據(jù)進行搜索時相關的主要數(shù)據(jù)庫Ⅴ、搜索引擎-ExPASyⅥ、以生物質譜數(shù)據(jù)從互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫進行搜索本講所要介紹的內容提要Ⅰ、生物信息學的一般情況29Ⅰ、生物信息學的一般情況生物信息學（Bioinformatics）是一門新興的交叉學科，它包括了生物信息的獲取、處理、存取、發(fā)布、分析、和解釋等在內的所有方面。生物信息學綜合運用生物學、數(shù)學、計算機科學的各種工具，來闡明和理解大量數(shù)據(jù)所包含的生物學意義。Ⅰ、生物信息學的一般情況生物信息學（Bioinformat30生物信息學

在蛋白質組學中的應用概況生物信息學已經成為蛋白組學研究中必不可少的組成部分，其應用包括：編碼的DNA序列的尋找與分析蛋白質序列信息的獲取蛋白質鑒定和性質預測蛋白質結構和功能預測蛋白質序列分析數(shù)據(jù)的分析與整合生物信息學

在蛋白質組學中的應用概況生物信息學已經成為蛋白31Ⅱ、有關數(shù)據(jù)庫的基礎知識生物信息學數(shù)據(jù)庫：是長期存放在計算機內，有組織的、可共享的、表明了一些事實性的信息的數(shù)據(jù)集合。數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)：是一個可實際運行的存儲、維護和應用系統(tǒng)，是提供數(shù)據(jù)的軟件系統(tǒng)，是存儲介質、處理對象和管理系統(tǒng)的集合體。數(shù)據(jù)庫是生物信息學的基礎。AlbertoLabarga,FranckValentin,MikaelAnderson,andRodrigoLopez.WebServicesattheEuropeanBioinformaticsInstitute.NucleicAcidsRes.,2007;35:W6～W11Ⅱ、有關數(shù)據(jù)庫的基礎知識生物信息學數(shù)據(jù)庫：是長期存放在計算32NucleicAcidsResearch》雜志在其每年的第一期中詳細介紹最新版本的各種數(shù)據(jù)庫。在2000年1月1日出版的28卷第一期115種通用和專用數(shù)據(jù)庫，包括其詳盡描述和訪問網(wǎng)址。至2006年，生物信息學數(shù)據(jù)庫總數(shù)已達858個。至2009年，生物信息學數(shù)據(jù)庫總數(shù)已達1170個。

《NucleicAcidsResearch》雜志

/NucleicAcidsResearch》雜志在其每年的33所介紹的相關數(shù)據(jù)庫及其主要分類1

核酸序列數(shù)據(jù)庫2.RNA序列數(shù)據(jù)庫3.蛋白質序列數(shù)據(jù)庫4.結構數(shù)據(jù)庫5.基因組數(shù)據(jù)庫（非脊椎動物）6.代謝酶相關產物7.人類和其他脊椎動物基因組8.人類基因和疾病9.其他數(shù)據(jù)和其他基因表達數(shù)據(jù)庫10.蛋白組資源11.其他分子生物學數(shù)據(jù)庫12.細胞器官數(shù)據(jù)庫13.植物數(shù)據(jù)庫14.免疫學數(shù)據(jù)庫所介紹的相關數(shù)據(jù)庫及其主要分類1核酸序列數(shù)據(jù)庫34生物信息學的基本構架染色體基因組圖譜基因組數(shù)據(jù)庫核酸DNA序列核酸序列數(shù)據(jù)庫蛋白質序列蛋白質序列數(shù)據(jù)庫蛋白質結構蛋白質結構數(shù)據(jù)庫蛋白質基因組作圖序列測定結構測定生物信息學數(shù)據(jù)庫工具生物信息學數(shù)據(jù)庫工具二次數(shù)據(jù)庫；復合數(shù)據(jù)庫生物信息學的基本構架染色體基因組圖譜基因組數(shù)據(jù)庫核酸DNA序35生物信息數(shù)據(jù)庫的類別以建庫的方式而論,大致可分為四類:一級數(shù)據(jù)庫(primarydatabase)二級數(shù)據(jù)庫(secondarydatabase)專家?guī)煺蠑?shù)據(jù)庫生物信息數(shù)據(jù)庫的類別以建庫的方式而論,大致可分為四類:36基于肽質量指紋譜（PMF）

信息的數(shù)據(jù)庫搜索Asetofpeptidemolecularweightsfromanenzymedigestofaprotein基于肽質量指紋譜（PMF）

信息的數(shù)據(jù)庫搜索Asetof37蛋白質酶解肽的混合物PMFProtein/DNA數(shù)據(jù)庫搜索引擎Searchengine數(shù)據(jù)庫搜索結果蛋白質酶解肽的混合物PMFProtein/DNA搜索引擎數(shù)據(jù)38肽質量指紋圖數(shù)據(jù)的檢索…1503.6049701504.6035151505.6060801506.6353441548.6147291549.6358831550.628364…ImportmasslistintoproteindatabasesearchprogramSetsearchparametersSubmitsearchandlookforpeptidesmatchesindatabaseMasslistfromspectrum肽質量指紋圖數(shù)據(jù)的檢索…Importmasslisti39現(xiàn)行的PMF軟件工具現(xiàn)行的PMF軟件工具40重點介紹MSFit重點介紹MSFit41以相關的質譜實驗數(shù)據(jù)從序列數(shù)據(jù)庫中進行發(fā)掘的蛋白質組學工具。以相關的質譜實驗數(shù)據(jù)從序列數(shù)據(jù)庫中進行發(fā)掘的蛋白質組學工具。42MSFitMSFit43可選的數(shù)據(jù)庫可選的數(shù)據(jù)庫44可選的物種可選的物種45蛋白質組學研究中的生物信息學課件46蛋白質組學研究中的生物信息學課件47可選的質譜儀可選的質譜儀48可選的酶可選的酶49翻譯后修飾種類的選擇翻譯后修飾種類的選擇50質譜數(shù)據(jù)輸入框質譜數(shù)據(jù)輸入框51蛋白質組學研究中的