最硬核的RNA甲基化修飾（m6A）位點(diǎn)預(yù)測(cè)網(wǎng)站-WHISTLE

最硬核的RNA甲基化修飾（m6A）位點(diǎn)預(yù)測(cè)網(wǎng)站——WHISTLE簡(jiǎn)介人類表觀轉(zhuǎn)錄中有著豐富的RNA修飾，目前已經(jīng)鑒定出超過(guò)150種RNA修飾。1974年，m6A第一次在poly-ARNA中檢測(cè)到，在過(guò)去的五十年間，已經(jīng)證明了m6A的生物學(xué)意義，包括mRNA翻譯的調(diào)節(jié)，熱休克反應(yīng)，DNA損傷反應(yīng)，RNA-蛋白質(zhì)相互作用和RNA穩(wěn)定性調(diào)節(jié)等。因此，m6A位置的準(zhǔn)確鑒定對(duì)于研究和理解RNA修飾在生物學(xué)中的下游效應(yīng)是至關(guān)重要的。然而大多數(shù)現(xiàn)有表觀轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)，例如：MET-DB和RMBase，僅通過(guò)簡(jiǎn)單的搜索RRACH模體（motif）進(jìn)行預(yù)測(cè)，該方法不能區(qū)分隨機(jī)發(fā)生的RRACH模體和位于附近真實(shí)含m6A的模體，即位于m6A峰內(nèi)的所有RRACH模體將被報(bào)告為m6A的一個(gè)位點(diǎn)，從而影響預(yù)測(cè)結(jié)果。自2015年以來(lái)，基于堿基分辨技術(shù)開發(fā)了大量RNA-甲基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)方法和網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器，包括iRNA-Methyl和pRNAm-PC；基于隨機(jī)森林機(jī)器學(xué)習(xí)框架開發(fā)的SRAMP(m6A在線預(yù)測(cè)網(wǎng)站——SRAMP)；還有許多其他的位點(diǎn)預(yù)測(cè)網(wǎng)站，例如:MethyRNA，RNAMethPre，RAM-NPPS，TargetM6A，AthMethPre，iRNA-PseColl，M6APred-EL，iMethyl-STTNC，iRNA-PseDNC等。這些預(yù)測(cè)完全基于序列信息，不考慮其他可能有用的基因組特征，例如保守性，轉(zhuǎn)錄物類型和基因注釋。那么，本期給大家介紹一個(gè)最硬核的RNA甲基化修飾（m6A）位點(diǎn)預(yù)測(cè)網(wǎng)站——WHISTLE。題目單位通訊作者孟佳畢業(yè)于西北工業(yè)大學(xué)航海學(xué)院并獲得測(cè)控技術(shù)與儀器專業(yè)工學(xué)學(xué)士學(xué)位，后赴美國(guó)德克薩斯大學(xué)圣安東尼奧分校獲得電子工程學(xué)碩士學(xué)位、博士學(xué)位并從事博士后研究工作。先后入選江蘇省雙創(chuàng)計(jì)劃，江蘇省六大人才高峰項(xiàng)目和蘇州市優(yōu)秀教育工作者等高層次人才培養(yǎng)計(jì)劃和榮譽(yù)。雜志NucleicAcidsResearch（IF=10.162）構(gòu)架優(yōu)勢(shì)1.

WHISTLE基于數(shù)百個(gè)高通量測(cè)序的樣本構(gòu)建，結(jié)合了多個(gè)基因組和常規(guī)序列的特征，在m6A位點(diǎn)預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性方面取得了重大改進(jìn)。在完整轉(zhuǎn)錄本和成熟mRNA模型下的平均AUC分別為：0.960和0.895，與現(xiàn)有技術(shù)的計(jì)算方法MethyRNA（AUC：0.830和0.772），SRAMP（AUC：0.835和0.794），MET-DB（AUC：0.8330.782和）和RMBase（AUC：0.8220.775）相比。2.

通過(guò)整合基因表達(dá)譜，RNA甲基化和PPI網(wǎng)絡(luò)，進(jìn)一步注釋RNA甲基化位點(diǎn)的功能。步驟1.用谷歌瀏覽器打開WHISTLE，網(wǎng)址：/2.選擇“TakemetoWhis