蛋白同源建模及分子對接知識講解ppt課件

1、蛋白同源建模及分子對接,序列與模板相似度，30%模板可用,GMQE（Global Model Quality Estimation）是一種基于目標(biāo)模板對準(zhǔn)結(jié)合性質(zhì)的質(zhì)量估計(jì)，數(shù)值在0-1之間，越接近于1表示模型越接近實(shí)驗(yàn)結(jié)果,Swiss-model同源建模,QMEAN(Qualitative Model Energy Analysis,QMEAN對模型的質(zhì)量估計(jì)是基于蛋白模型的局部和全局計(jì)分，包括四個(gè)結(jié)構(gòu)描述符： All atom：成對原子距離依賴性電位 C-： C-相互作用勢能 Solvation：殘基包埋情況 Torsion：扭轉(zhuǎn)角分布,蛋白模型 局部(每個(gè)氨基酸)Z-score,Z-sc

2、ore在pdb數(shù)據(jù)庫中所有蛋白中的分布,Modeller軟件,Modeller是一種用Python語言編寫的，可用于本地建立分子模型的軟件。然而，很多人并不熟悉Python語言，因此有人編寫了一個(gè)Moldoller的GUI界面的軟件Easymodeller， Easymodeller科用于簡單的單模板建模。目前Modeller最新版本為9.16 Easymodeller 最新版本為4.0。 與在線建模軟件相比， Modeller還可進(jìn)行模型的修飾、多模版建模等操作,Easymodeller建模確定模板,NCBI blast，blastp選擇pdb數(shù)據(jù)庫，identity30%模板可用。也可用S

3、wiss-model來尋找合適模板,Easymodeller界面,粘貼序列,添加模板，3-10個(gè),建立模型,以4e9q.A為模板，建立了CueO的蛋白模型，左圖為不含有銅輔基的模型，右圖為含有4個(gè)銅輔基的模型,銅離子,蛋白模型的檢測與評價(jià)以Swiss-model構(gòu)建的CueO模型為例,Swiss-model構(gòu)建的CueO的蛋白模型,SAVE網(wǎng)站評估蛋白模型,Procheck,紅色： 核心區(qū)域 黃色： 允許區(qū) 淺黃色： 大致允許區(qū) 空白： 禁阻區(qū),ERRAT,verify3d,Prove,結(jié)果總結(jié),一根據(jù)SAVES的檢測結(jié)果，需要局部優(yōu)化的部位如下： Procheck：位于 gener區(qū)域的殘基

4、。 ERRAT：錯(cuò)誤建模區(qū)域（置信度高于99%），殘基集中于140160，300320,400420之間。 Verify3d：得分0.2的殘基，殘基集中于300384之間。 二.猜測建模發(fā)生的錯(cuò)誤可能原因 預(yù)測的酶活性部位位于309384之間，恰好也是出錯(cuò)集中的區(qū)域。可能是因?yàn)轭A(yù)測模型中Cu離子的缺失，導(dǎo)致對活性周圍的殘基電子云分布，肽鍵角度，二級結(jié)構(gòu)等造成了影響,蛋白模型的優(yōu)化,Chiron網(wǎng)站界面,Chiron優(yōu)化前后分子能量對比,Save檢測優(yōu)化后的模型,Autodock 4.0分子對接,受體：以Swiss-model構(gòu)建的CueO模型為例，未經(jīng)優(yōu)化。 配體：文獻(xiàn)中所給出的CueO的底物之一二乙醇胺（Diethanolamine,準(zhǔn)備受體和配體,CueO,Diethanolamine,Grid box參數(shù)設(shè)置,分子對接結(jié)果展示,待解決的問題,1. 蛋白模型的評估還需完善。 2.蛋白模型的優(yōu)化：因?yàn)樵诰€網(wǎng)站Chiron的優(yōu)化效果并不好，所以在查閱文獻(xiàn)后，擬用本地軟件olex2進(jìn)行局部優(yōu)化。 3.分子對接的評價(jià)。 4.為確定酶底物