腫瘤基因檢測(cè)的解讀流程

1、文檔從臨床進(jìn)入基因檢測(cè)流程是入口，檢測(cè)結(jié)果結(jié)合臨床信息進(jìn)行合理解讀是出口，這一入一出之間需經(jīng)歷檢測(cè)前臨床咨詢(xún)部分、實(shí)驗(yàn)室部分、信息分析部分、臨床 解讀部分共四個(gè)環(huán)節(jié)。其中的第四部分臨床解讀部分即是根據(jù)檢測(cè)結(jié)果、 患者信 息、醫(yī)生共識(shí)綜合判斷，臨床和遺傳咨詢(xún)有效銜接、充分溝通，最終出具臨床解 讀報(bào)告。在做成臨床解讀報(bào)告之前，首先需要將解讀的各個(gè)環(huán)節(jié)進(jìn)行明確， 包括解讀的步 驟流程，解讀的技術(shù)細(xì)節(jié)。這樣才有可能真正的做到解讀的規(guī)范化， 使解讀過(guò)程 有據(jù)可依，有章可循，才能出具一份好的臨床解讀報(bào)告， 基因檢測(cè)才能更好的服 務(wù)患者和臨床醫(yī)生。從大的框架講，基因檢測(cè)數(shù)據(jù)解讀可分為三個(gè)步驟： 原始數(shù) 據(jù)f

2、分析數(shù)據(jù)、基于數(shù)據(jù)庫(kù)的解讀f與患者個(gè)體表征 /臨床病例結(jié)合的解讀。1、讀懂原始數(shù)據(jù)將測(cè)序的原始序列數(shù)據(jù)（FASTQ）去除接頭及低質(zhì)量序列，經(jīng)BWA軟件比對(duì)至GRCh37/38（ NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人類(lèi)基因組參考序列上，Picard去除重復(fù)序列，使用GATK檢測(cè)SNV與In del變異，使用ANNOVAR 進(jìn)行變異注釋。最后獲得一份.vcf文件（圖1 ）。PMse 1： rirnarvPh* 3； variant dU9WlnANNQVAR.圖1從測(cè)序的原始序列數(shù)據(jù)到vcf文件的流程一份vcf文件包含如下基本信息ChrStartHadRefAltFunc. reG

3、ene, trGeneDBtai1 EznnicHinc.g|rIGewefGcncrofGcrLCciGcuc clCrCELCChr :變異所在的染色體Start :變異在染色體上的起始位置End :變異在染色體上的結(jié)束位置Ref :參考基因組的序列Alt :檢測(cè)樣本基因組的序列Func.refGene :變異所處參考基因的功能區(qū) （exonic , intronic , UTR3 , UTR5 , splicing , upstream , downstream , intergenic ）（此處的 exonic 特指外顯 子編碼氨基酸區(qū)，不包括外顯子的 UTR區(qū)）Gene.refGen

4、e :變異所處參考基因名稱(chēng)（如果是基因間，則是兩側(cè)的基因）Gen eDetail.refGe ne :非外顯子區(qū)處于特定轉(zhuǎn)錄本中的具體位置（如果是基因 間，貝U是距離兩側(cè)的基因的距離）ExonicFunc.refGene :外顯子區(qū)的變異類(lèi)型（frameshift insertion , frameshiftdeleti on , stopga in , stoploss , non frameshift in serti on,nonframeshiftdeletion, synonymous SNV , nonsynonymous SNV ），女口果這一欄是一個(gè)“ 的話(huà)，就說(shuō)明該變異不在外

5、顯子區(qū)AAChange.refGene :氨基酸水平的改變（同一個(gè)基因可能具有多個(gè)轉(zhuǎn)錄本，氨基酸改變的位置在不同的轉(zhuǎn)錄本中有可能不一樣）經(jīng)注釋后的vcf文件還會(huì)包含如下信息：CLI2ISKCQilACCCLNEiSDOIl1000c. fFF-IE心豁CLINSIG :該變異在ClinVar數(shù)據(jù)庫(kù)中的臨床意義(Benign , Likely benign , Uncertain significanee , Likelypathogenic , Pathogenic , Drug-response )CLINDBN :該變異所引起的疾病名稱(chēng)CLINACC :該變異的登記號(hào)和版本號(hào)(Varian

6、tAccession and Versions )CLINSDB :該變異所引起疾病所在數(shù)據(jù)庫(kù)名稱(chēng)CLINSDB :該變異所引起疾病所在數(shù)據(jù)庫(kù)中的IDPopFreqMax :該變異人群中的最大等位基因頻率1000 All :該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群等位基因頻率1000 AFR :該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中非洲人群的等位基因頻率1000 AMR :該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中美國(guó)人群的等位基因頻率1000 EAS :該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中東亞人群的等位基因頻率1000 EUR :該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中歐洲人群的等位基因頻率1000 SAS :該變異在千人基因組計(jì)

7、劃數(shù)據(jù)庫(kù)中南亞人群的等位基因頻率ESiPfiSOOsiTS _ALLFeAC_L1-zA r：NSnp138 :該變異在dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)中的IDCosmic70 :該變異在癌癥體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)庫(kù) COSMIC中的IDESP6500siv2 ALL :該變異在美國(guó)國(guó)家心肺血液研究所的 ESP6500數(shù)據(jù)庫(kù)中的 人群等位基因頻率ESP6500siv2_AA :該變異在美國(guó)國(guó)家心肺血液研究所的 ESP6500數(shù)據(jù)庫(kù)中的非洲裔人群等位基因頻率ESP6500siv2_EA :該變異在美國(guó)國(guó)家心肺血液研究所的ESP6500數(shù)據(jù)庫(kù)中的歐洲裔人群等位基因頻率ExAC_AII :該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群等位

8、基因頻率ExAC_AFR:該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中非洲人群的等位基因頻率ExAC_AMR :該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中美國(guó)人群的等位基因頻率ExAC_EAS：該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中東亞人群的等位基因頻率ExAC_FIN :該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中芬蘭人群的等位基因頻率ExAC_NFE :該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中非芬蘭歐洲人群的等位基因頻率ExAC_OTH :該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中除已指定人群之外的人群等位基因頻率ExAC_SAS :該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中南亞人群的等位基因頻率ICG46ICGC.Itl ICGC-CtcuraKe ncieO Interar肚suSKV 期忙工呃dt証詡VJ

9、=m 璃亞cniru.eno-CG46 :該變異在CG46數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群等位基因頻率。CG46是由CompleteGenomics （BGI）公司對(duì)46個(gè)樣本的全基因組測(cè)序而建立的數(shù)據(jù)庫(kù)，截止2017年，他們已經(jīng)對(duì)超過(guò)20000個(gè)樣本進(jìn)行了全基因組測(cè)序和分析。ICGCd :國(guó)際癌癥基因協(xié)作組中各研究的IDICGC_Occurrenee :該變異在ICGC數(shù)據(jù)庫(kù)中的發(fā)生情況。該欄數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)如COCA-CN|1|187|0.00535 ，指中國(guó)結(jié)直腸癌的研究(/ )，在187例患者中有1例發(fā)生突變，突變比例為0.00535Nci60 :該變異在nci60數(shù)據(jù)庫(kù)中的等位基

10、因頻率。Nci60是被廣泛用于藥物篩 選的人類(lèi)60種腫瘤細(xì)胞系組合，已經(jīng)進(jìn)行了全外測(cè)序。隨著研究的進(jìn)步，美國(guó) 癌癥研究所NCI在2016年宣布NCI-60細(xì)胞系“退休” ，PDX新模型“上任”。Interpro_domain ： InterPro算法預(yù)測(cè)的突變所處的保守結(jié)構(gòu)域(http:/www.ebi.ac.Uk/i nterpro/ )dbscSNV_ADA_SCORE :基于adaptive boosting預(yù)測(cè)變異對(duì)剪接位點(diǎn)改變的可能性dbscSNV_RF_SCORE :基于Random Forest 預(yù)測(cè)變異對(duì)剪接位點(diǎn)改變的可能性。得分代表剪接影響的可能性大小，如果dbscSNV_A

11、DA_SCORE和dbscSNV_RF_SCORE得分均小于0.6，則對(duì)剪接位點(diǎn)沒(méi)有影響(PMID: 28132688 )。Omim_phe no type:在OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)中該基因(不是該變異)對(duì)應(yīng)的表型FILTERINFOFOniATNonuiTIMORcorePolyphcii2_HDlV_ pr(*dorcI cdQUAL :測(cè)序質(zhì)量分?jǐn)?shù)，計(jì)算方法為 Q = -10log10(e)，可衡量堿基未正確檢出 的概率。FILTER:對(duì)變異位點(diǎn)做進(jìn)一步的過(guò)濾。無(wú)論你用什么方法對(duì)變異位點(diǎn)進(jìn)行過(guò)濾， 過(guò)濾完了之后，在FILTER 一欄都會(huì)留下過(guò)濾記錄，如果是通過(guò)了過(guò)濾標(biāo)準(zhǔn)，那 么這些通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)的好的

12、變異位點(diǎn)的 FILTER 一欄就會(huì)注釋一個(gè)PASS，如果沒(méi)有 通過(guò)過(guò)濾，就會(huì)在FILTER這一欄提示除了 PASS的其他信息(other FILTER flag)。 如果這一欄是一個(gè)“的話(huà)，就說(shuō)明沒(méi)有進(jìn)行過(guò)任何過(guò)濾INFO&F ORMAT :該欄數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)GT:AD:AF:ALT_F1R2:ALT_F2R1:FOXOG:QSS:REF_F1R2:REF_F2R1。GT:基因 型，對(duì)于一個(gè)二倍體生物，0表示跟REF 一樣，1表示表示跟Alt 一樣；2表示 第二個(gè)Alt ； AD :對(duì)應(yīng)兩個(gè)以逗號(hào)隔開(kāi)的值，這兩個(gè)值分別表示覆蓋到 REF和 Alt堿基的reads數(shù)，相當(dāng)于支持REF和支持Alt的測(cè)序

13、深度；AF:支持Alt的 測(cè)序深度占總測(cè)序深度的比例，即等位基因豐度NORMAL :與腫瘤組織對(duì)應(yīng)的正常組織中的信息，一般通過(guò)外周血測(cè)序獲得TUMOR :腫瘤組織中的信息此外還可能包含各種算法對(duì)非同義突變保守性預(yù)測(cè)值，這些算法包括SIFTprediction(T: tolerated; D: deleterious)， PolyPhen HumanDiv prediction(D:Probably damaging, P: possibly damaging; B: benign)、LTR、MutTaster、MutationAssessor 、FATHMM、CADD、GERP+ 等等。2、分

14、析挖掘數(shù)據(jù)對(duì)全外顯子檢測(cè)（或者屬于較大 pannel范疇的情況也可以），可以進(jìn)行腫瘤突 變負(fù)荷（Tumor mutationburden）計(jì)算。臨床研究表明，使用 PD1/PD-L1抑制劑等免疫治療藥物時(shí)，具有較高突變負(fù)荷的患者具有較好的客觀緩解率 （ORR）、較長(zhǎng)的無(wú)進(jìn)展生存期（PFS），同時(shí)持續(xù)臨床療效（DCB）也更佳。然而，由 于目前沒(méi)有統(tǒng)一的腫瘤突變負(fù)荷計(jì)算方法，在做縱向比較時(shí)需謹(jǐn)慎。該分析使用的計(jì)算方法為，腫瘤組織中突變豐度大于等于5%，正常組織中突變豐度小于等于 1%， ExonicFunc.refGene 欄去除“ .”、synonymous SNV 、unknown 標(biāo)簽的數(shù)據(jù)

15、，PopFreqMax 一欄去除人群等位基因頻率大于 0.1%的數(shù)據(jù)（注意 保留“.”）。此外，免疫治療相關(guān)的一些基因突變（如EGFR、干擾素信號(hào)通路的JAK、B2M等）值得關(guān)注。對(duì)全外顯子檢測(cè)，能夠發(fā)現(xiàn)大量的體細(xì)胞突變。有的突變是致病性的稱(chēng)為為驅(qū)動(dòng) 突變或司機(jī)突變（與之對(duì)應(yīng)的稱(chēng)為乘客突變或繼發(fā)性突變），這些突變或?qū)е?DNA修復(fù)缺陷，或?qū)е录?xì)胞不受調(diào)控的增殖生長(zhǎng)，或?qū)е录?xì)胞不能正常凋亡， 或?qū)е录?xì)胞侵襲性增強(qiáng)，或?qū)е旅庖咛右?。因而從大量的體細(xì)胞突變中鑒定腫瘤 的驅(qū)動(dòng)基因突變既是基因檢測(cè)的重要目的之一，同時(shí)也是一項(xiàng)艱難的工作。一般來(lái)說(shuō)一個(gè)腫瘤的發(fā)生其驅(qū)動(dòng)基因突變的數(shù)目為0-8個(gè)，且他們不會(huì)分布

16、于同一個(gè)關(guān)鍵的腫瘤相關(guān)信號(hào)通路中 （比如BRAF和KRAS，比如APC和CTNNB1 ）或 并行的兩個(gè)重要信號(hào)通路中（比如 PIK3CA和KRAS）。一般來(lái)說(shuō)原癌具有較為 明顯突變熱點(diǎn)聚集傾向（比如 KRAS和PIK3CA），而抑癌基因的突變位點(diǎn)較為 分散（比女口 RB1和VHL ）。對(duì)全外顯子檢測(cè)目前已經(jīng)在腫瘤中得到較為廣泛的應(yīng)用，如何高效尋找驅(qū)動(dòng)基因突變急需指導(dǎo)和規(guī)范化的文件，但由于腫瘤細(xì)胞突變多為體細(xì)胞突變，遺傳性突變領(lǐng)域的規(guī)范化文件(后面會(huì)具體講)難以照搬使用。因?yàn)轶w細(xì)胞突變的意義和 遺傳性突變的意義比如致病性突變這樣的描述有所不同，比如我們可以采用響應(yīng)藥物的突變(respo nsiv

17、e )、耐藥突變(resista nt )、驅(qū)動(dòng)性突變(driver )、 繼發(fā)性突變(passenger )來(lái)描述突變的意義。值得慶幸的是，2017年伊始， 分子病理協(xié)會(huì)(Association for Molecular Pathology, AMP )、美國(guó)臨床腫 瘤協(xié)會(huì)(American Societyof Clinical Oncology )和美國(guó)病理學(xué)家聯(lián)盟(College ofAmerican Pathologists )對(duì)高通量測(cè)序在腫瘤診療領(lǐng)域的應(yīng)用從突變記載(HGVS )、注釋解讀、報(bào)告進(jìn)行了指導(dǎo)和規(guī)范(PMID: 27993330 )。 該指導(dǎo)規(guī)范中對(duì)參考序列數(shù)據(jù)庫(kù)(如

18、NCBI)、人群基因頻率數(shù)據(jù)庫(kù)(如1000G、 ExAC)、腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù)(如COSMIC、ICGC)、疾病數(shù)據(jù)庫(kù)(如HGMD、ClinVar )、 預(yù)測(cè)軟件(如PolyPhen2、Human Splicing Finder)的使用和注意事項(xiàng)給出了意見(jiàn)。該規(guī)范還推薦對(duì)腫瘤細(xì)胞的體細(xì)胞變異劃分為四個(gè)級(jí)別：具有確定性臨床意義的突變(variants with strong clinical significanee，Level A 和 Level B )、可能具有臨床意義的突變 (variants with potential clinical significance，LevelC 和 Level

19、D )、臨床意義不明的突變(variants of unknown clinicalsignificance )、良性或可能良性的突變( variants deemed benign or likely benign )，并詳細(xì)闡述如何將檢測(cè)到突變結(jié)合數(shù)據(jù)庫(kù)以歸類(lèi)到這四個(gè)級(jí)別中。其中具有確定性臨床意義/可能具有臨床意義的突變包括四個(gè)等級(jí)的證據(jù)：Level A :可作為預(yù)測(cè)藥物反應(yīng)或耐藥性的 FDA批準(zhǔn)的針對(duì)特定類(lèi)型腫瘤（適應(yīng) 癥）的治療的突變；或者已經(jīng)被包括在專(zhuān)業(yè)指南中（如腫瘤的 NCCN ）作為特 定類(lèi)型腫瘤的治療、診斷或預(yù)后的突變；Level B，可作為預(yù)測(cè)藥物反應(yīng)或耐藥性的基于充分研究和

20、專(zhuān)家共識(shí)的治療的突 變，或者是基于充分研究和專(zhuān)家共識(shí)的具有特定疾病診斷、預(yù)后意義的突變；Level C，可作為預(yù)測(cè)藥物反應(yīng)或耐藥性的 FDA或?qū)I(yè)協(xié)會(huì)批準(zhǔn)的跨適應(yīng)癥的治 療的突變，或者是已經(jīng)作為臨床試驗(yàn)的入組參考標(biāo)準(zhǔn)， 或者是基于多項(xiàng)研究的具 有特定疾病診斷、預(yù)后意義的突變；Level D，基于臨床前研究、案例報(bào)道的可能具有臨床意義的突變；或者有研究 表明該突變有助于疾病診斷和預(yù)后判斷。目前，尋找腫瘤驅(qū)動(dòng)基因突變的具體策略可以說(shuō)是多種多樣（圖2）。通過(guò)尋找熱點(diǎn)基因的熱點(diǎn)突變（recurrent mutation ）是一種較為確定的策略，相關(guān)的研 究證據(jù)較為充分。例如EGFR的突變主要發(fā)生在胞內(nèi)

21、酪氨酸激酶（TK）區(qū)域的 前四個(gè)外顯子上（1821 ），目前發(fā)現(xiàn)的TK區(qū)域突變有30多種。缺失突變主 要發(fā)生在外顯子19 上,最常見(jiàn)的是del E746-A750，替代突變最常見(jiàn)的是發(fā)生 在外顯子21上的L858R，復(fù)制或插入突變發(fā)生在外顯子 20上。發(fā)生在外顯子 20上的替代突變T790M 為耐藥突變，研究還發(fā)現(xiàn) L858Q、D761Y、T854A等 耐藥突變。HER2基因在乳腺癌、膀胱癌、結(jié)直腸癌、胃癌中主要突變方式是擴(kuò) 增或者表達(dá)上調(diào)，鮮有突變，在 2030%的乳腺癌中存在HER2基因明顯擴(kuò)增 或過(guò)表達(dá)，但是在肺癌中，其激活機(jī)制為擴(kuò)增、過(guò)表達(dá)及點(diǎn)突變，點(diǎn)突變?cè)诜伟┲械陌l(fā)生概率約占2-4%

22、，多發(fā)生在其激酶結(jié)構(gòu)域中，常見(jiàn)的激活性點(diǎn)突變包括p.S310, p.L755，p.G776L, p.V777L ，p.S855l，p.N857S 等。BRAF V600E 突變臨床意義在Pubmed中有上百遍報(bào)道。BRAF突變存在于1% %的非小細(xì) 胞肺癌中。V600E是最常見(jiàn)的腫瘤驅(qū)動(dòng)突變，在肺癌中也有多種其他類(lèi)型的BRAF突變被報(bào)道，包括 G466V、G469A和D594G。盡管性藥物例如vemurafenib 在包含BRAF V600E突變的黑色素瘤中高度有效，但這些藥物對(duì)BRAF其他位點(diǎn)突變，或者 V600E突變肺癌中的腫瘤驅(qū)動(dòng)活性還需評(píng)估。Identifying driver mut

23、ationsDriv&rPaasenger mutationspricnbNaLhiQfl ol m 匚一tundiw 謝 validationSomata mutation identificalioriWentify rpcurrani muiatwsPredici functional impaci ol mulationsIdentity recurrentComtnationsof mutations圖2 鑒定驅(qū)動(dòng)基因突變策略(PMID: 24479672 )熱點(diǎn)基因的熱點(diǎn)突變?cè)诤芏鄶?shù)據(jù)庫(kù)中有不完全的收錄，這些數(shù)據(jù)庫(kù)有Civic數(shù)據(jù)庫(kù)，OncoKB 數(shù)據(jù)庫(kù)，Personalized

24、cancer therapy數(shù)據(jù)庫(kù)，ClinicalKno wledgebase 數(shù)據(jù)庫(kù)等等。預(yù)測(cè)變異對(duì)蛋白質(zhì)功能的影響，可以作為尋找腫瘤驅(qū)動(dòng)突變的一種有益補(bǔ)充方法。比較常見(jiàn)的預(yù)測(cè)工具如 SIFT、PolyPhen2、MutationAssessor 等等，這些算法 的原理一般是基于氨基酸的進(jìn)化保守性，有的考慮到蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的功能(例如 TP53蛋白的有害突變多位于DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域)，還有的會(huì)考慮蛋白的空間結(jié) 構(gòu)。對(duì)于檢測(cè)到的變異各算法預(yù)測(cè)值在上述的 vcf文件中可查閱。對(duì)于SIFT，值 越小變異有害性的可能性越大，推薦閾值0.05 ;對(duì)于PolyPhen2，值越大變異有害性的可能性越大，推薦

25、閾值 0.3 ;對(duì)于MutationAssessor ，值越大變異有 害性的可能性越大，推薦閾值8，需要注意的是，不同的參考文獻(xiàn)閾值可能不同(PMID: 23819521 )。將基因放在信號(hào)通路中分析，這對(duì)于不是十分常見(jiàn)的小眾腫瘤驅(qū)動(dòng)基因?qū)ふ矣泻?大幫助。在美國(guó)，每年有大約18,000名患者被確診為腦膜瘤。它們約占原發(fā)性 腦腫瘤的三分之一，女性患病比率高一倍。但是一直以來(lái)對(duì)于腦膜瘤的遺傳突變 了解甚少。在一項(xiàng)研究中(PMID: 23334667 )，科學(xué)家們對(duì)17個(gè)腦膜瘤樣本 進(jìn)行了全基因組或是外顯子組測(cè)序。在這些腫瘤中發(fā)現(xiàn)改變基因后，研究人員隨 后又對(duì)另外兩組腫瘤進(jìn)行了測(cè)序。 研究人員發(fā)現(xiàn)，

26、相比大多數(shù)類(lèi)型的腫瘤，腦膜 瘤具有較少數(shù)量的遺傳改變或損傷。 在一些腫瘤中，他們發(fā)現(xiàn)兩個(gè)在已知致癌信 號(hào)通路中發(fā)揮作用的基因存在突變。 在3個(gè)腫瘤中發(fā)現(xiàn)的SMO，是Hedgehog 信號(hào)的成員。在5個(gè)腫瘤中發(fā)現(xiàn)了 AKT1，該基因參與了與乳腺癌、結(jié)直腸癌和肺癌相關(guān)的PI3K-AKT-mT0R 信號(hào)。第6個(gè)腫瘤具有一個(gè)從前已知的，與mTOR 信號(hào)通路相關(guān)的突變。總的來(lái)說(shuō)，這些突變基因信號(hào)通路構(gòu)成了所研究的15%腦膜瘤的重要驅(qū)動(dòng)子。對(duì)于遺傳性腫瘤，可以借助遺傳病致病基因鑒定的方案，流程即1、了解臨床資料2、核心表型轉(zhuǎn)化為中文人類(lèi)表型標(biāo)準(zhǔn)用語(yǔ) (CHPO)3、基因檢測(cè)及其質(zhì)控4、 生信分析5、遺傳學(xué)

27、分析，包括關(guān)聯(lián)候選基因、遺傳變異位點(diǎn)分析解讀和家系驗(yàn) 證6、表型相似度分析。2013年ACGM推薦的與遺傳性腫瘤/遺傳病相關(guān)基因 包括 BRCA1、BRCA2、TP53、STK11、MLH1、MSH2、MSH6、PMS2、APC、MUTYH、VHL、MEN1、RET、PTEN、RB1、SDHC、SDHD、TSC1、TSC2、 WT1、NF2等(PMID : 23788249 )。查找正常對(duì)照組織突變豐度(N_Freq ) 兩0%，比對(duì)遺傳性腫瘤相關(guān)突變基因，是否有遺傳性腫瘤相關(guān)胚系突變，查看 并按照下述步驟進(jìn)行確認(rèn)。按照基因名+c._或基因名+p._進(jìn)行g(shù)oogle搜索或 進(jìn)入NCBI、HGM

28、D、OMIM等網(wǎng)站查閱是否有相關(guān)致病性報(bào)道，按照ACMG指南進(jìn)行位點(diǎn)致病性判定或可借助InterVar在線輔助判定(僅適用于exon范 圍內(nèi)突變)。發(fā)現(xiàn)遺傳性腫瘤相關(guān)的基因突變，還應(yīng)推薦家族其他直系血親進(jìn)行 基因檢測(cè)做進(jìn)一步的確認(rèn)。美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì) (American Collegeof Medical Gen etics and Genomics, ACMG )和分子病理協(xié)會(huì)(Association forMolecular Pathology,AMP )在2015年對(duì)臨床實(shí)驗(yàn)室的基因檢測(cè)進(jìn)行了指導(dǎo)和規(guī)范(PMID: 25741868 )。該指導(dǎo)規(guī)范主要就是適用于孟德?tīng)栠z傳病相關(guān)

29、基因變異或者是生 殖系變異。指導(dǎo)規(guī)范推薦記載突變遵循統(tǒng)一的規(guī)范一一人類(lèi)基因組變異協(xié)會(huì)(Human Ge no meVariation Society, HGVS)，并將變異根據(jù)人群基因頻率(population data)軟件預(yù)測(cè)(computational data)和功能試驗(yàn)(functionaldata )等參數(shù)分為五個(gè)級(jí)別：致病性突變(pathogenic )、可能致病性突變(likelypathogenic )、意義不明突變(uncertain significance)、可能良性突變(likely benign )和良性多態(tài)性突變(benign )。這五個(gè)級(jí)別如何認(rèn)定？ 該規(guī)范列出了致病性/可能致病的各種情況的支持證據(jù)，證據(jù)強(qiáng)度依次