IDI微生物鑒定（脂肪酸分析）系統(tǒng)PLFA 應用案例及其它

1、.MIDI微生物鑒定（脂肪酸分析）系統(tǒng)PLFA 應用案例及其它顏淑瑋.PLFA分析原理pPLFA定義 PLFA 是磷脂脂肪酸(phospholipid fatty acid) 的英文縮寫。PLFA 是構成活體細胞膜的重要組分p群落分析基本原理 部分PLFA 總是出現(xiàn)在同一類群的微生物中, 而在其它類群的微生物中很少出現(xiàn)pPLFA混合樣本分析 根據(jù)不同類群微生物的指示性PLFA不同, 通過提取和分析指示性PLFA , 測定其含量, 可定量反映活體微生物中不同類群的生物量及總生物量。.應用范圍p指示環(huán)境因素變化對微生物群落變化的影響（包含菌根共生，植物與微生物相互作用）領域細分p環(huán)境與資源科學p農

2、林牧漁科學p植物與土壤科學p海洋、水文/水利、河流/湖泊科學p生態(tài)與環(huán)境保護科學.其他群落分析方法pDNA測序（STS-PCR（sequence-tagged site）+T-RFLP/DGGE/TGGE；二代測序儀，100萬條序列/次）pBoilog法（碳源代謝差異） PLFA分析優(yōu)勢： 靈敏度、準確性（SD?。?；取樣便利，保真性；工作量；成本（二代測序10萬RMB/次）.MIDI在PLFA中的優(yōu)勢pMIDI 提取及分析方法由于低成本、其簡單性、可同時處理大量樣品而被廣泛應用于土壤微生物群落研究pGC-MS進行PLFA分析 微生物指示性PLFA的特異性文庫 工作量.MIDI PLFA方法研發(fā)

3、中?。A計3月底完成第一步）pPLFA特征性脂肪酸文庫(C9-C30)p標準化提取方法（2天 2小時）pGC分析時間：15minpPLFA專用標準品$2000 .PLFA研究案例分析p文獻標題： The effects of mineral fertilizer and organic manure on soil microbial community and diversity p研究單位： 南京師范大學 化學與環(huán)境學院及生命科學學院 p雜志名稱：Plant Soilp接收日期：2009-3-25.分析方法及結果脂肪酸分組：細菌（革蘭氏陽性/陰性、嗜氧/好氧）、真菌、放線菌含量小于1%及單

4、一樣本中檢出的PLFA被剔除分析，檢出29種顯著PLFAs。用PLFA總量（19:0 FAME內標法定量）表征微生物總量，主要含量組成為cy17:0, 16:0, 2- and 3-OH-FAs, 18:19, 18:26,9 及 a17:0，占總量約40%。.分析結論1 細菌及放線菌PLFA含量在OM+NPK樣本中最高，N樣本中最低 OM+NPK施肥方式顯著刺激土壤原核生物生長，單純N肥施肥方式則有抑制作用（導致酸化降低微生物群落豐度及多樣性）2 土壤中細菌特別是革蘭氏陰性菌含量最高，對土壤施肥方式更敏感，相對于真菌及放線菌指示性更強。3 革蘭氏陽性及厭氧菌PLFA含量在OM樣本中最高，而真

5、菌PLFA在NPK樣本中最高 革蘭氏陽性菌對有機肥敏感而真菌對無機肥敏感4 真菌PLFA含量在NPK樣本中最高，P樣本中最低 NPK均衡施肥對土壤真菌生長重要4與1不一致 細菌、真菌對有機肥和無機肥應答不同.PCA（Principal Component Analysis ）原理p多樣本多維分析（以脂肪酸為維） 二維界面顯示 （ex. PC1 vs. PC2）p最大程度展示系統(tǒng)變異（PC1PC2) 當累計方差貢獻率大于80%，可全面反映系統(tǒng)變異p樣本固有性質在反映變異情況的二維主成分界面上得以展現(xiàn)，由其本身性質決定叢集或分離。.PCA案例一.PCA案例二主成分的組成因素：第一主成分主要綜合微生物PLFA總量和細菌PLFA 第二主成分主要綜合“真菌/細菌”及真菌PLFA.微生物鑒定應用注意點p優(yōu)勢 一步鑒定到株型(菌庫中已有菌株），親緣性分析可分型p弱勢 腸道菌（遺傳高度相關）鑒定準確性為屬級，推薦使用碳源利用鑒定法.關于配置p2011年MIDI發(fā)布最新GC配置，已轉發(fā)大家，請注意更新p安捷倫提供電腦默認為WIN7系統(tǒng)，與MIDI不兼容。建議自購電腦或提前告知安捷倫銷售更改發(fā)貨電腦系統(tǒng)。. 謝 謝！有問題嗎？歡迎討論.小測試：pMIDI