醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索與論文寫作：ch5 PubMed

1、PubMed概述概述 1 PubMed的檢索方法的檢索方法 2 PubMed檢索結(jié)果的處理檢索結(jié)果的處理 3 PubMed的其他工具與鏈接的其他工具與鏈接 4 小結(jié)小結(jié) 5 PubMed 1 檢索檢索實(shí)例綜合演示實(shí)例綜合演示 6 教學(xué)基本要求 學(xué)會利用PubMed各種途徑和方法檢索文獻(xiàn)，尤 其主題詞檢索途徑，學(xué)會制定科學(xué)的檢索策略。 能夠?qū)z索結(jié)果進(jìn)行處理，學(xué)會利用My NCBI。 熟悉PubMed的收錄范圍、記錄來源、常用字段 等概況。 了解PubMed其他工具與鏈接的使用。 2 PubMed概述概述 1 PubMed的檢索方法的檢索方法 2 PubMed檢索結(jié)果的處理檢索結(jié)果的處理 3 P

2、ubMed的其他工具與鏈接的其他工具與鏈接 4 小小 結(jié)結(jié) 5 PubMed 3 檢索檢索實(shí)例綜合演示實(shí)例綜合演示 6 PubMed概述 什么是PubMed？ PubMed的發(fā)展過程 PubMed的收錄范圍 PubMed的記錄來源 PubMed的常用字段 4 什么是PubMed? 國際上最重要、最權(quán)威的生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫之一 由美國國立衛(wèi)生研究院（NIH）下屬的美國國立醫(yī) 學(xué)圖書館（NLM）的國家生物技術(shù)信息中心（NCBI） 開發(fā)、維護(hù) 面向全世界免費(fèi)提供最新的生物醫(yī)學(xué)信息 每周5天更新數(shù)據(jù)，檢索功能完善，使用方便 PubMed網(wǎng)址： / http:/

3、/PubMed 5 PubMedPubMed主頁：主頁： 6 NCBI各數(shù)據(jù)庫間關(guān)聯(lián) PubMed provides links to the integrated molecular biology databases maintained by NCBI The following diagram illustrates the relationships between some of the information resources in Entrez:

4、 3 NCBI統(tǒng)一檢索平臺 PubMed整合在NCBI的統(tǒng)一檢索平臺上 /，與該平 臺其他數(shù)據(jù)庫建立無縫鏈接，可實(shí)現(xiàn)跨庫 檢索 40多個數(shù)據(jù)庫，包括Literature、DNA INVALID_JOURNAL virology|1993|193|492|hardy me|Q02945-1|8382410 virus genes|1992|6|393|P27423-1|1335631 yeast|1992|8|253|sasnauskas k|P24813-1|1514324 臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)庫（Clinical Trials） 美國國立醫(yī)學(xué)圖書館

5、研制開發(fā)的臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)庫 收錄了美國及全世界190多個國家經(jīng)注冊登記的臨 床試驗(yàn)詳細(xì)信息，目前包含有21萬多條，是十分重 要的循證醫(yī)學(xué)信息資源 143 / 144 145 外部鏈接（LinkOut） PubMed及NCBI的其他數(shù)據(jù)庫通過LinkOut與其他外 部資源與服務(wù)建立鏈接，包括在線全文數(shù)據(jù)庫、 生物學(xué)數(shù)據(jù)庫、圖書館館藏信息、消費(fèi)者健康信 息、研究工具等 146 PubMed概述概述 1 PubMed的檢索方法的檢索方法 2 PubMed檢索結(jié)果的處理檢索結(jié)果的處理 3 PubMed的其他工具與鏈接的其他工具與鏈接 4 小小 結(jié)結(jié) 5 P

6、ubMed 147 檢索檢索實(shí)例綜合演示實(shí)例綜合演示 6 l自動詞語匹配的基本檢索一般適合檢索經(jīng) 驗(yàn)有限的初級用戶，也適合對課題做初步 檢索。 l檢索經(jīng)驗(yàn)豐富的用戶，或者對查全率查準(zhǔn) 率有較高要求的檢索課題，需要仔細(xì)分析 課題，編制比較完備的檢索策略，綜合運(yùn) 用PubMed提供的各種高級檢索功能。 PubMed小結(jié) 148 主題詞檢索是PubMed最具特色的功能之一， 能保證較好的查全率及查準(zhǔn)率。 主題詞組/副主題詞 使檢索結(jié)果更為專指。 限定在主要主題詞檢索能使結(jié)果更準(zhǔn)確。 149 PubMed小結(jié) PubMed小結(jié) 主題詞檢索也有一些固有的缺陷，如很多專指的 概念沒有相應(yīng)的主題詞，一些新出

7、現(xiàn)的概念要幾 年后才收錄為主題詞。主題詞檢索還可能會漏掉 一些最新的文獻(xiàn)（in process citations）。 這種情況下，采用文本詞的字段限定檢索（如限 定到 TIAB）等方法也能得到較好的查準(zhǔn)率。 150 PubMed小結(jié) 建議： l檢索時，可首選主題詞檢索，近1年文獻(xiàn) 應(yīng)用 基本檢索（可限定題名/摘要字段 tiab）。 l如果專指概念沒有對應(yīng)的主題詞，可考 慮用基本檢索（注意編輯Search Details）。 151 PubMed小結(jié) l熟練運(yùn)用PubMed的檢索結(jié)果篩選 （filters）、臨床查詢、引文匹配等工 具，能大大提高檢索效率。 l個性化服務(wù)工具M(jìn)y NCBI功能強(qiáng)

8、大，能保 存、管理PubMed中的所有檢索過程及檢 索結(jié)果。 152 PubMed概述概述 1 PubMed的檢索方法的檢索方法 2 PubMed檢索結(jié)果的處理檢索結(jié)果的處理 3 PubMed的其他工具與鏈接的其他工具與鏈接 4 小結(jié)小結(jié) 5 PubMed 153 檢索檢索實(shí)例綜合演示實(shí)例綜合演示 6 例：檢索貝伐單抗治療胃癌的臨床試驗(yàn)研究例：檢索貝伐單抗治療胃癌的臨床試驗(yàn)研究 關(guān)鍵詞： 貝伐單抗 bevacizumab；avastin 胃癌 gastric(stomach) cancer(carcinoma;tumor;tumour;neoplasm) 臨床試驗(yàn)（文獻(xiàn)類型） clinical

9、 trial 檢索途徑： 主題詞；基本檢索？；限定 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 PubMed概述概述 1 PubMed的檢索方法的檢索方法 2 PubMed檢索結(jié)果的處理檢索結(jié)果的處理 3 PubMed的其他工具與鏈接的其他工具與鏈接 4 小結(jié)小結(jié) 5 PubMed 173 檢索檢索實(shí)例綜合演示實(shí)例綜合演示 6 文獻(xiàn)檢索止于檢索？ 174 Gopubmed 簡介 由德國Transinsight和德國Technical University Dresden合作開發(fā)，檢索的數(shù)

10、據(jù) 庫與PubMed完全一樣。 利用生物信息學(xué)相關(guān)知識開發(fā)的可以對 PubMed檢索結(jié)果進(jìn)行探索、分析的工具，是 Gene Ontology（GO）在PubMed數(shù)據(jù)庫中的 深度應(yīng)用。 175 GoPubMed的使用 176 例：乳腺癌患者例：乳腺癌患者BRCA1BRCA1基因的研究概況基因的研究概況 建議首先在PubMed數(shù)據(jù)庫中確定好檢索式： Breast NeoplasmsMesh AND Genes, BRCA1Mesh 177 178 179 180 181 182 183 network of top authors 184 185 186 187 GoPubMedGoPubMed對高頻的對高頻的GOGO和和MeSHMeSH詞進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分詞進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分 析，反映出該領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)，并且對檢析，反映出該領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)，并且對檢 索到文獻(xiàn)的時間、作者、機(jī)構(gòu)、出版物進(jìn)索到文獻(xiàn)的時間、作者、機(jī)構(gòu)、出版物進(jìn) 行全方位分析，從而得出文獻(xiàn)增長趨勢、行全方位分析，從而得出文獻(xiàn)增長趨勢、 作者合作網(wǎng)絡(luò)、機(jī)構(gòu)分布等信息。作者合作網(wǎng)絡(luò)、