如何在CANOCO4.5中進(jìn)行數(shù)據(jù)

1、沈會(huì)濤2010年基于基于CANOCO的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析Multivariate Analysis of Ecological Data using CANOCOE-mail: 一. 群落的排序 二. Canoco軟件簡(jiǎn)介 三. 數(shù)據(jù)分析內(nèi)容一一. 群落的排序群落的排序 群落排序：就是把一個(gè)地區(qū)內(nèi)所調(diào)查的群群落排序：就是把一個(gè)地區(qū)內(nèi)所調(diào)查的群落樣地（物種），按照相似度來(lái)排定各樣落樣地（物種），按照相似度來(lái)排定各樣地的位序，從而分析各樣地（物種）之間地的位序，從而分析各樣地（物種）之間及其與環(huán)境之間的相互關(guān)系。及其與環(huán)境之間的相互關(guān)系。 排序的目的：通過(guò)排序把多維空間壓縮成排序的目的：通

2、過(guò)排序把多維空間壓縮成低維空間，并且使降低維數(shù)引起的信息損低維空間，并且使降低維數(shù)引起的信息損失盡量少，實(shí)體按其相似關(guān)系重新排列，失盡量少，實(shí)體按其相似關(guān)系重新排列，讓人可以理解。同時(shí)，必須用統(tǒng)計(jì)手段來(lái)讓人可以理解。同時(shí)，必須用統(tǒng)計(jì)手段來(lái)檢驗(yàn)排序軸到底是否真能代表環(huán)境因子的檢驗(yàn)排序軸到底是否真能代表環(huán)境因子的梯度。梯度。排序類別（排序類別（in CANOCO） 間接排序（間接排序（Indirect Gradient Analysis） ：在特定的梯在特定的梯度上（環(huán)境軸）上探討物種的變化情況。度上（環(huán)境軸）上探討物種的變化情況。 PCA （Principal components analys

3、is） CA （Correspondence analysis） DCA （Detrended Correspondence Analysis） 直接排序（直接排序（Direct Gradient Analysis） ：尋求潛在的或?qū)で鬂撛诘幕?在間接的環(huán)境梯度來(lái)解釋物種數(shù)據(jù)的變化。在間接的環(huán)境梯度來(lái)解釋物種數(shù)據(jù)的變化。 RDA （Redundance analysis） CCA （Canonical correspondence analysis） DCCA （Detrended Canonical Correspondence Analysis）梯度分析梯度分析間接排序間接排序直接排序直接

4、排序RDACCAPCACADCCADCA梯度分析梯度分析直接排序直接排序單峰模型單峰模型線性模型線性模型間接排序間接排序直接排序直接排序間接排序間接排序RDAPCACCACADCCADCACanoco 簡(jiǎn)介Ter BraakCanonical Community ordination Petr參考資料與網(wǎng)站 Introduction on Canoco for windows Multivariate Analysis of Ecological Data using CANOCO http:/ 普蘭塔普蘭塔 數(shù)量生態(tài)學(xué)數(shù)量生態(tài)學(xué).張金屯張金屯 著著軟件模塊（1 ）CANOCO for Win

5、dow 4.5 CANOCO的核心。CANOCO for Window帶有比較全面的排序方法。其核心部分是基于線性模型的PCA和RDA，基于單峰的模型的CA，DCA和CCA。在這些基本排序方法基礎(chǔ)上，CANOCO也可以做CVA（典范變量分析），PCoA（主坐標(biāo)分析）。但NMDS并沒有被包括，因?yàn)榈拇_用得很少。 PCA CA DCA pPCA pCA pDCA RDA CCA DCCA pRDA pCCA pDCCA 不進(jìn)入分析，但顯示不進(jìn)入分析，但顯示 主動(dòng)主動(dòng) 被動(dòng)被動(dòng)（2） WCanoImp 這個(gè)程序的功能是構(gòu)建數(shù)據(jù)構(gòu)建數(shù)據(jù)。但這個(gè)程序用法受到了window的剪貼板和電子表格文件的限制。比

6、如在Excel2003以前的版本，列數(shù)僅有256列，這就意味著樣方數(shù)或物種數(shù)不能兩個(gè)同時(shí)超過(guò)256個(gè)，否則需要分割。當(dāng)然行數(shù)寬松點(diǎn)，但不能超過(guò)65536行。如果你的數(shù)據(jù)超過(guò)這個(gè)限制，你可以將你的數(shù)據(jù)分割為幾個(gè)部分，經(jīng)過(guò)WCanoImp轉(zhuǎn)化后，再用CanoMerge程序拼接起來(lái)。（3）CanoMerge 1) 首要的任務(wù)是連接兩個(gè)或多個(gè)包含相同樣方但不同變量的數(shù)據(jù)文件。 2) 可以用來(lái)將您的數(shù)據(jù)文件輸出帶制表符分隔的ASCII（文本）文件。 3) 最后一個(gè)功能是可以過(guò)濾掉一些低頻率的物種。CanoDraw for Windows用來(lái)做排序圖的程序。分析流程三 數(shù)據(jù)分析 1. 數(shù)據(jù)的整理數(shù)據(jù)的整理

7、物種數(shù)據(jù) 環(huán)境數(shù)據(jù)列：采樣點(diǎn) 列：采樣點(diǎn)行：生物數(shù)據(jù) 行：環(huán)境因子 注：數(shù)據(jù)（物種和環(huán)境數(shù)據(jù)）之間差別較大，如數(shù)注：數(shù)據(jù)（物種和環(huán)境數(shù)據(jù)）之間差別較大，如數(shù)量級(jí)之間的差別，需進(jìn)行量級(jí)之間的差別，需進(jìn)行l(wèi)g（X+1）轉(zhuǎn)換，轉(zhuǎn)換，pH不需要進(jìn)行不需要進(jìn)行l(wèi)g轉(zhuǎn)換。轉(zhuǎn)換。 2. 操作步驟操作步驟 a. 程序Canoco for WindowsWCanoImp，在“save in condensed format”的選線前面打上對(duì)勾(如圖)。 b. 打開打開“CANOCO 數(shù)據(jù)數(shù)據(jù).xls” 選擇要分析的數(shù)據(jù)選擇要分析的數(shù)據(jù) 將要分析的數(shù)據(jù)（不要多選擇空格）選中后，將要分析的數(shù)據(jù)（不要多選擇空格）選中

8、后，復(fù)制，在圖復(fù)制，在圖1的界面點(diǎn)擊的界面點(diǎn)擊“Save”，自己對(duì)其命名，自己對(duì)其命名，后綴名為后綴名為“.dta”，如，如“species.dta”。同樣，對(duì)。同樣，對(duì)環(huán)境因子選擇后保存為環(huán)境因子選擇后保存為“env.dta”。這時(shí)可以關(guān)。這時(shí)可以關(guān)掉圖對(duì)話框。掉圖對(duì)話框。 這樣就得到一個(gè)這樣就得到一個(gè)spe.dta的文件和一個(gè)的文件和一個(gè)env.dta的文件。的文件。 對(duì)數(shù)據(jù)分析之前，先對(duì)物種數(shù)據(jù)進(jìn)行DCA分析，來(lái)選擇RDA分析或者CCA分析。 先用species-sample資料做DCA分析，看分析結(jié)果中Lengths of gradient 的第一軸的大小，如果大于4.0，就應(yīng)該選CCA，如果3.0-4.0之間，選RDA和CCA均可，如果小于3.0, RDA的結(jié)果要好于CCA。 RDA排序蒙特卡洛檢驗(yàn)值P小結(jié)：排序的步驟小結(jié)：排序的步驟 1.原始數(shù)據(jù)的整理：樣方（生物原始數(shù)據(jù)的整理：樣方（生物/環(huán)境）矩陣環(huán)