FastTree構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)詳細(xì)教程

FastTree構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)詳細(xì)教程FastTree可以基于核酸和蛋白序列建樹(shù)，一次性可對(duì)數(shù)以百萬(wàn)條序列的文件進(jìn)行處理，運(yùn)行速度是

PhyML3.0或RAxML7的100-1000倍。默認(rèn)參數(shù)設(shè)置下精度優(yōu)于PhyML3。下面詳細(xì)演示如何進(jìn)行系統(tǒng)樹(shù)構(gòu)建和樹(shù)形處理。下載FastTree，將其放在電腦D盤，新建文件夾，命名為“FastTree”。2．由于該軟件讀取的是經(jīng)過(guò)alignment處理后的序列文件（fasta格式或

phylip格式），所以提前準(zhǔn)備好建樹(shù)所需的序列文件，即，將序列文件在mega軟件中進(jìn)行alignment，然后保存成fasta格式，命名為tree.fas（也可隨意命名），以備后續(xù)建樹(shù)使用。將上述經(jīng)alignment后的fasta文件放到D盤的FastTree文件夾內(nèi)。點(diǎn)擊電腦左下角的windows圖標(biāo)，輸入“cmd”，點(diǎn)擊進(jìn)入命令行輸入窗口，如下圖輸入“D:”點(diǎn)擊回車鍵進(jìn)入D盤注：回車鍵后會(huì)出現(xiàn)D:\>表示進(jìn)入了D盤。因?yàn)镕astTree建樹(shù)軟件在D盤。再輸入cdFastTree，點(diǎn)擊回車就進(jìn)入了FastTree的文件夾，此時(shí)我們就進(jìn)入到放有FastTree.exe的文件夾了，接下來(lái)就可以輸入命令行進(jìn)行建樹(shù)了。構(gòu)建核酸序列樹(shù)：如果要使用核酸序列的alignment文件，使用GTR+CAT模型建樹(shù)，可以直接輸入FastTree-gtr-nttree.fas>tree點(diǎn)擊回車就可以出現(xiàn)一個(gè)名為“tree”的系統(tǒng)樹(shù)文件（也可以隨意命名，這里只是最為演示）。注：如果不輸入-gtr的話，系統(tǒng)會(huì)默認(rèn)使用Jukes-Cantor+CAT

模型進(jìn)行替代。構(gòu)建蛋白序列樹(shù)：如果是使用蛋白序列的alignment文件建樹(shù)，并使用JTT+CAT模型，可以直接輸入FastTreetree.fas>tree（注：這里的tree.fas是你經(jīng)過(guò)alignment后保存的序列文件，你可以隨意命名；tree是你輸出的樹(shù)的文件，也可以隨意命名。當(dāng)然命令行中還可以添加“-wag”是WAG+CAT模型的意思；添加“-lg”是

LG+CAT

模型的意思。）使用Figtree軟件可以打開(kāi)自動(dòng)生成的名為tree的樹(shù)，然后對(duì)樹(shù)進(jìn)行編輯。打開(kāi)后將Figtree工具欄中的“NodeLabels”勾選，然后在“Display”選項(xiàng)中選擇“Label”就可以把系統(tǒng)樹(shù)分枝上的支持值顯示出來(lái)。如下圖如果想把某條序列作為根，可以在分枝上直接點(diǎn)擊這個(gè)序列，然后點(diǎn)擊上方工具欄中的“Reroot”。如果想要改變一下系統(tǒng)樹(shù)分枝