高通量測序技術(shù)平臺流程與應(yīng)用.ppt

1、Illumina Genome Analyzer系統(tǒng)應(yīng)用方向,DNA Fragment文庫測序 DNA Mate-pair文庫測序 Small RNA測序 數(shù)字化表達譜測序 轉(zhuǎn)錄組測序 DNA甲基化測序 ChIP-seq Meta-Genomics DNA測序 血漿微量DNA測序,基因組DNA的隨機打斷 DNA片段的末端修復(fù) 將A堿基加入到DNA片段的3末端 在DNA片段的末端加上特定接頭 PCR擴增連上接頭的DNA片段 文庫檢測 DNA在Cluster Station的成簇擴增 IlluminaGenome Analyzer上的測序 生物信息組裝/分析,Illumina DNA Fragme

2、nt文庫測序流程,Illumina Mate-pair文庫測序流程,基因組DNA隨機打斷特定大小片段（2-10kb范圍可選） 末端修復(fù) 生物素標(biāo)記 環(huán)化 獲得來自大片段兩端共計400-600 bp的DNA片段 修飾、加接頭 PCR擴增連上接頭的DNA片段 文庫檢測 DNA在Cluster Station上的成簇擴增 Illumina Genome Analyzer上的測序 生物信息組裝/分析,Illumina Small RNA測序流程,從總 RNA中分離 small RNA 5接頭連接和純化 3接頭連接純化 RT-PCR擴增 Small RNA文庫的純化 文庫的檢測 DNA在Cluster

3、Station成簇擴增 Illumina Genome Analyzer上的測序 生物信息學(xué)分析,Illumina 數(shù)字化表達譜測序流程,mRNA的分離和cDNA第一鏈的合成 cDNA第二鏈的合成 限制性內(nèi)切酶NlaIII的酶切 連接GEX NlaIII Adapter 1 限制性內(nèi)切酶 MmeI 的酶切 連接GEX Adapter 2 Adapter連接cDNA產(chǎn)物和PCR富集 文庫的檢測 DNA在Cluster Station上的成簇擴增 IlluminaGenome Analyzer上的測序 生物信息學(xué)分析,Total RNA的DNase I 酶消化 mRNA 分離和隨機打斷 cDNA第

4、一鏈和第二鏈的合成 DNA片段的末端修復(fù) 將“A”堿基加入到DNA片段的3末端 在DNA片段的末端加上特定接頭 PCR擴增連上接頭的DNA片段 文庫的檢測 DNA在Cluster Station上的成簇擴增 IlluminaGenome Analyzer上的測序 生物信息學(xué)分析,Illumina 轉(zhuǎn)錄組測序流程,基因組DNA隨機打斷 DNA片段的末端修復(fù) 將 A 堿基加入到 DNA片段的3末端 DNA片段末端加上特別處理的甲基化接頭 重亞硫酸鹽處理 去鹽處理 PCR擴增連上接頭的DNA片段 文庫檢測 DNA 在Cluster Station上的成簇擴增 Illumina Genome Anal

5、yzer上的測序 生物信息學(xué)分析,Illumina DNA甲基化測序流程,染色質(zhì)免疫共沉淀 目的DNA片段 DNA片段的末端修復(fù) 將 A 堿基加入到 DNA片段的3末端 DNA片段末端加上接頭 PCR擴增加上接頭的DNA片段 文庫檢測 DNA在Cluster Station成簇擴增 Illumina Genome Analyzer上的測序 生物信息學(xué)分析,Illumina ChIP-seq測序流程,Meta基因組的提取 DNA隨機打斷 DNA片段末端修復(fù) 將A堿基加入到DNA片段的3末端 在DNA片段的末端加上接頭 純化連接產(chǎn)物 PCR擴增連上接頭的DNA片段 文庫的檢測 DNA在Cluster Station的成簇擴增 Illumina Genome Analyzer上的測序 生物信息組裝/分析,Illumina Meta-Genomics DNA測序流程,收集10-15ml孕婦外周血 提取血漿中游離DNA Q-PCR定量總DNA含量 構(gòu)建DNA文庫 Agilent和Q-PCR檢測文庫濃度 Cluster制備和Genome An